bulk测序 单细胞测序(Single-cell Sequencing)和批量测序(Bulk Sequencing)是两种常用于基因组学研究的方法,它们之间存在一些显著的区别和应用场景。 单细胞测序: 1. 定义: 单细胞测序是一种技术,它可以分析单个细胞的基因组信息,包括基因表达、DNA变异、甲基化等。 2. 特点: 高分辨率:提供了单个细胞水平的基因表达...
整合单细胞数据和Bulk数据的多种方法(一):R包scAB 最近刷到NAR最新的一篇算法文章《scAB detects multiresolution cell states with clinical significance by integrating single-cell genomics and bulk sequencing data》,DOI10.1093/nar/gkac1109。通过整合单细胞基因组学(包括scRNA-seq和sc-ATAC-seq数据)和Bulk RNA...
Bulk RNA-sequencing pipeline流程(含代码) 对于Bulk RNA-seq测序(用于比较转录组学,如不同物种的同种组织样本,也就是我们常说的常规转录组测序,注意和单细胞测序区分),我们常用的分析流程有很多,之前的文章也有介绍。偶然在github上发现一个总结的很完整的分析流程和大家分享。 我们依照作者的思路来进行: 使用NCBI ...
然后他给大家推荐了一个高度精炼的综述,这个综述于2020年9月发表在 《Experimental & Molecular Medicine》杂志,标题是:《Single-cell sequencing techniques from individual to multiomics analyses》,链接是:https://www.nature.com/articles/s12276-020-00499-2 可以看到这个综述总结了smart-seq2和10x技术的5大差异...
3、对AD患者大脑的BulK-seq数据进行差异基因分析---DEGs of AD Brain From Bulk Sequencing Data BulK-seq数据数据集GSE33000,包括310例AD患者和157例对照组。 基于BulK-seq数据集以探索AD脑组织中的DEGs。在AD大脑中5,339 up and 5542 down-regulated DEGs were retained in AD brains (Figure 4A)。热图展示...
[2] Carvalho, R.F., do Canto, L.M., Abildgaard, C. et al. Single-cell and bulk RNA sequencing reveal ligands and receptors associated with worse overall survival in serous ovarian cancer. Cell Commun Signal 20, 176 (2022). https://doi.org/10.1186/s12964-022-00991-4 ...
今天小编和大家分享一篇22年11月发表在Frontiers in Immunology(IF:8.786)杂志的文章《Identification and validation of a signature based on macrophage cell marker genes to predict recurrent miscarriage by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing》。作者通过单细胞和bulk RNA测序的联合分析,...
Average_sequencing_depth:比对到参考基因组的平均测序深度(测序数据量/基因组大小)。 Coverage:比对数据对全基因组区域的覆盖度(碱基覆盖长度占全基因组碱基总长的比例)。 Coverage_at_least_4X:全基因组区域中碱基覆盖深度不低于4X的比例。 Coverage_at_least_10X:全基因组区域中碱基覆盖深度不低于10X的比例。
题目:Integrative Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveals Cell Types Involved in Heart Failure期刊:Front Bioeng Biotechnol.(Q1 IF:5.7) 日期:05/January/2022 DOI:https://doi.org/10.3389/fbioe.2021.779225 心力衰竭(HF)是一种慢性进行性综合症,死亡率很高。HF是一种严重的心功能障...
This assay relies on the selection of a segregating, haploid F1 progeny population on a resistant host, followed by bulk sequencing, thereby allowing rapid avirulence candidate gene identification with high mapping resolution. In a proof-of-concept experiment we mapped the ...