【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2325、弹幕量 0、点赞数 93、投硬币枚数 47、收藏人数 356、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
图2 BulkRNA-seq数据的差异基因表达分析。(A)UTI组和对照组之间差异基因表达的火山图;(B)GO terms的抑制基因的基因集富集分析;(C)富集terms与相关基因的网络可视化;(D)树状图显示使用Jaccard的相似性指数对富集terms的层次聚类;(E...
批量RNA-seq已成为转录组学的主要工具,越来越多的基因改变已被确定为BLCA的有效治疗目标。单细胞RNA-seq(scRNA-seq)能够发现有关细胞转录组异质性的信息和潜在的基因表达分布。在本研究中,作者使用scRNA-seq和批量RNA-seq数据进行了系统生物信息学分析,以构建BLCA患者的预后模型,并有两个外部验证队列来验证其分层风...
1.借助公共bulk RNA-seq数据分析了CCA的免疫微环境。 2.进一步通过H&E、IHC、MIHC等病理方法区分不同成熟阶段的TLS。 3.借助H&E染色组织切片将样本分为TLS阴性组和TLS阳性组,用bulk RNA-seq寻找差异基因,筛选TLS marker,并用IHC方法进行了验证。 4.根据TLS在肿瘤的不同区域进行划分,研究发现TLS在不同区域的不...
单细胞RNA-seq(scRNA-seq)能够发现有关细胞转录组异质性的信息和潜在的基因表达分布。在本研究中,作者使用scRNA-seq和批量RNA-seq数据进行了系统生物信息学分析,以构建BLCA患者的预后模型,并有两个外部验证队列来验证其分层风险的能力。同时概述了免疫渗透景观,并确定了它如何促进BLCA的发展。此外作者探究了风险模型...
单细胞RNA-seq(scRNA-seq)能够发现有关细胞转录组异质性的信息和潜在的基因表达分布。在本研究中,作者使用scRNA-seq和批量RNA-seq数据进行了系统生物信息学分析,以构建BLCA患者的预后模型,并有两个外部验证队列来验证其分层风险的能力。同时概述了免疫渗透景观,并确定了它如何促进BLCA的发展。此外作者探究了风险模型...
通过整合单细胞测序和 bulk RNA-seq 分析,我们确定了一个 iCAF 相关特征,该特征将 BCa 患者分为具有不同分子特征的两个亚型。该特征在预测 TCGA-BLCA、GEO-meta 和三个 ICI 治疗队列中的免疫疗法/化疗的预后方面表现出稳健性。随后的分析确定了不良预后、免疫反应受损和 M2 浸润的中枢基因 LOXL2。此外,LOXL2...
研究中采用Lasso回归和十倍交叉验证,确定了四个关键基因并将其纳入预后模型的开发中。使用中位特征风险评分作为阈值,KM曲线显示高风险组的预后较差(图4)。 图4:基于APPCAF相关基因的预后模型的建立与验证 05、前列腺癌中基于APPCAFRS的免疫相关差异 免疫微环境分析提示,在高风险亚组中,静息记忆CD4+T细胞、M1巨噬细...
采用单细胞标记物和典型基因集对同类型细胞浸润评分进行评价，结果具有高度一致性。No.3 反卷积联合分析 Cibersort根据先前的单细胞数据从Bulk-RNA测序数据中估计细胞类型比例，并将其集成到细胞类型特异性差异分析中，以此来分析Bulk-RNA seq数据中各种细胞类型的比例丰度。文章应用：Identification of Ligand-Receptor ...
图2:SLE PBMC细胞簇的ISG评分 (3)Bulk RNA-seq数据筛选LN肾脏差异表达基因 作者从GEO数据库中筛选出四个狼疮性肾炎(LN)相关的Bulk RNA-seq数据集,然后筛选在LN患者中差异表达基因(DEGs)用于进一步分析(在至少两个数据集中差异表达的DEGs)。结果保留了49个肾小球DEGs和38个肾小管DEGs(图3a,b)。对这些DEGs功能...