本研究结果显示,中性粒细胞中的雌激素反应受到抑制,这与BulkRNA-seq分析的结果一致,表明大多数中性粒细胞介导的过程在UTI组中受到抑制。 图5 UTI和对照组的单细胞RNA-seq分析。(A)有和无UTI治疗样本的倾向评分匹配的平衡诊断;(B)...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2325、弹幕量 0、点赞数 93、投硬币枚数 47、收藏人数 356、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
批量RNA-seq已成为转录组学的主要工具,越来越多的基因改变已被确定为BLCA的有效治疗目标。单细胞RNA-seq(scRNA-seq)能够发现有关细胞转录组异质性的信息和潜在的基因表达分布。在本研究中,作者使用scRNA-seq和批量RNA-seq数据进行了系统生物信息学分析,以构建BLCA患者的预后模型,并有两个外部验证队列来验证其分层风险...
结论:整合的单细胞和批量RNA测序分析揭示了iCAF相关的特征,可以预测BCa免疫治疗的预后和反应。此外,枢纽基因LOXL2可能作为BCa治疗的有希望的靶标。 |过程 1. scRNA-seq 分析突出了 iCAF 在 BCa 中的作用 如图1A 所示,根据标记 COL1A1,确定了十个簇,其中两个簇被注释为 CAF。我们根据先前报告的标记(PDGFRA 和...
单细胞RNA-seq(scRNA-seq)能够发现有关细胞转录组异质性的信息和潜在的基因表达分布。在本研究中,作者使用scRNA-seq和批量RNA-seq数据进行了系统生物信息学分析,以构建BLCA患者的预后模型,并有两个外部验证队列来验证其分层风险的能力。同时概述了免疫渗透景观,并确定了它如何促进BLCA的发展。此外作者探究了风险模型和...
单细胞RNA-seq(scRNA-seq)能够发现有关细胞转录组异质性的信息和潜在的基因表达分布。在本研究中,作者使用scRNA-seq和批量RNA-seq数据进行了系统生物信息学分析,以构建BLCA患者的预后模型,并有两个外部验证队列来验证其分层风险的能力。同时概述了免疫渗透景观,并确定了它如何促进BLCA的发展。此外作者探究了风险模型和...
1.借助公共bulk RNA-seq数据分析了CCA的免疫微环境。 2.进一步通过H&E、IHC、MIHC等病理方法区分不同成熟阶段的TLS。 3.借助H&E染色组织切片将样本分为TLS阴性组和TLS阳性组,用bulk RNA-seq寻找差异基因,筛选TLS marker,并用IHC方法进行了验证。 4.根据TLS在肿瘤的不同区域进行划分,研究发现TLS在不同区域的不...
384 -- 2:34 App 单细胞RNA-seq分析方法【八】细胞类型注释 382 -- 2:10 App 单细胞RNA-seq分析方法【四】筛选高可变基因 383 -- 5:33 App 单细胞RNA-seq分析方法【二】质量控制 435 -- 2:31 App 单细胞RNA-seq分析方法【六】无监督聚类和可视化 317 -- 2:17 App 单细胞RNA-seq分析方法【...
采用单细胞标记物和典型基因集对同类型细胞浸润评分进行评价，结果具有高度一致性。No.3 反卷积联合分析 Cibersort根据先前的单细胞数据从Bulk-RNA测序数据中估计细胞类型比例，并将其集成到细胞类型特异性差异分析中，以此来分析Bulk-RNA seq数据中各种细胞类型的比例丰度。文章应用：Identification of Ligand-Receptor ...
图1.单细胞RNA-seq数据鉴定细胞集群,揭示BLCA肿瘤中的高细胞异质性 2.关键细胞鉴定及其标记基因功能富集分析 通过使用FindAllMars和Wilcoxon测试,获得了474个显着不同的标记基因进行鉴定。通过计算每个细胞显著不同的标记基因的ssGSEA评分,作者发现所有七个细胞在BLCA中都显着下调,因此七个细胞被认为是后续分析的关键细...