相反,加强的 LOXL2 表达增加了其蛋白水平(图 6F)。 ▲图6 为了弄清楚 LOXL2 过表达/沉默成纤维细胞调节 T24 细胞的机制,在 CAF 中 LOXL2 敲低后处理 RNA-seq(图 6G)。IL32 被确定为 DEG 中唯一的可溶性因子(图 6G,H)。GSEA 显示细胞因子-细胞因子受体相互作用在 LOXL2 敲低的 DEGs 中富集(图 6I)...
scRNA-seq和BulkRNA-seq是转录组学的两个重要分支，所以它们的联合分析是以验证性为主。将二者联合分析作为验证，基于表达模式相关性，利用 Bulk RNA-Seq 数据进行评估，明确单细胞测序分析结果的准确性，或者两种测序结果也可以相互印证。接下来一起看看Bulk RNA-seq& scRNA-seq有哪些？在文章中是如何应用的？No.1...
单细胞RNA-seq（scRNA-seq）能够发现有关细胞转录组异质性的信息和潜在的基因表达分布。在本研究中，作者使用scRNA-seq和批量RNA-seq数据进行了系统生物信息学分析，以构建BLCA患者的预后模型，并有两个外部验证队列来验证其分层风险的能力。同时概述了免疫渗透景观，并确定了它如何促进BLCA的发展。此外作者探究了风险...
对illumina数据进行处理,利用 RNA-Seq 发现新的 RNA 变体和剪接位点,或量化 mRNA 以进行基因表达分析等。对两组或多组样本的转录组数据,通过差异表达分析和对所发现的差异表达基因集合进行功能富集分析以推断生物学功能。 数据准备: 数据下载: Humangenome(GRCh38/hg3):Index of /goldenPath/hg38/chromosomes (ucs...
文章利用单细胞数据筛选T细胞亚群和标记基因,然后利用标记基因在bulk-RNA数据中建模并分析,纯生信就轻松拿下6分+的文章,创新性足足的!还是那句话,还在观望的小伙伴,看到这个思路心动的话就快行动起来吧!发文好时机可不等人哦~ ~ l 题目:单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq的综合分析揭示了三阴性乳腺癌中T细胞相关的...
图6 基线、2D、和TDO与正常卵巢组织RNA-seq数据分析结果。A:Top100高变基因。B:2D细胞培养系统富集分析结果。C:RNA-seq数据的PCA分析,显示卵巢癌2D细胞和正常组织与TDO和基线分离。 2 验证卵巢癌中PI3K-AKT信号通路配体和受体基因相关性 使用RNA-seq数据研究分析了scRNA-seq结果中区分每个CAFs簇与其它腹水细胞的t...
文章思路 为了验证单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的完整性,以及小鼠肺部mRNA和蛋白含量随年龄的变化,作者又分别取了6个(3V3)和8个(4V4)young和old老小鼠进行bulk RNA测序和蛋白质组质谱分析,结果显示小鼠肺部多组学数据展现一致性。 实验设计 组学数据展现一致性关注...
从TCGA和CGGA数据库中获得bulk RNA-seq数据,从GEO数据库中获得10x的GBM scRNA-seq数据。UMAP方法用于数据降维和聚类识别。通过Find All Markers函数识别不同细胞聚类的标记基因。通过加权基因相关网络分析(WGCNA)鉴定关键模块和差异表达基因(DEGs)。使用非负矩阵分解(NMF)算法来识别基于DEGs的不同亚型,并使用多变量Cox...
read_distribution.py-i RNA-Seq/aligned/SRR3589956_sorted.bam -r reference/hg19_RefSeq.bed 转录组入门(6): reads计数 如果你只需要知道已知基因的表达情况,那么可以选择alignment-free工具(例如salmon, sailfish),如果你需要找到noval isoforms,那么就需要alignment-based工具(如HISAT2, STAR)。
METAFlux可以根据bulk RNA-seq和scRNA-seq数据预测癌症代谢通量,以解决这些分析空白。METAFlux能够以nutrient-aware的方式使用癌症基因表达数据来表征整个代谢回路并输出non-degenerative通量。对于scRNA-seq 数据,METAFlux还检查TME中细胞类型之间的代谢异质性和相互作用。