单细胞数据虽然提高了信息挖掘的颗粒度,但是经常比较遗憾的是没有一些的临床信息(如治疗响应、耐药、复发信息等),因此scRNA-seq与bulk RNA-seq联合分析应运而生,既满足临床问题的研究可行性又对齐了颗粒度。 说到scRNA-seq与bulk RNA-seq数据的联合分析,就不得不提及到Scissor这个利器了,该软件于2021年发表在神刊...
RNA sequencing (RNAseq) can reveal gene fusions, splicing variants, mutations/indels in addition to differential gene expression, thus providing a more complete genetic picture than DNA sequencing. This most widely used technology in genomics tool box has evolved from classic bulk RNA sequencing (...
具有KRAS突变的CRC样本具有较高的PRS(图3I)。除此之外,根据GEO队列中的RNA表达数据预测了CRC样本的CMS。将82个CRC样本划分为CMS1,其特征为微卫星不稳定性(MSI);将160个样品分为CMS2,具有微卫星稳定性(MSS);将89个样本分为具有分化和脂肪酸代谢特征的CMS3;将160个样本分为CMS4,其特征为上皮-间充质转化(EMT...
bulk测序 单细胞测序(Single-cell Sequencing)和批量测序(Bulk Sequencing)是两种常用于基因组学研究的方法,它们之间存在一些显著的区别和应用场景。 单细胞测序: 1. 定义: 单细胞测序是一种技术,它可以分析单个细胞的基因组信息,包括基因表达、DNA变异、甲基化等。 2. 特点: 高分辨率:提供了单个细胞水平的基因表达...
本期分享一篇整合单细胞和bulk-RNA seq数据分析的文章,揭示了抗原呈递和过程中的肿瘤相关成纤维细胞,并建立了前列腺癌的预测特征模型。文章于2024年1月发表于《Journal of Translational Medicine》,通讯作者为上海交通大学的韩邦旻教授,标题“Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data unveils antigen presenta...
Cost-efficient library generation by early barcoding has been central in propelling single-cell RNA sequencing. Here, we optimize and validate prime-seq, an early barcoding bulk RNA-seq method. We show that it performs equivalently to TruSeq, a standard
单细胞测序是一种高通量技术能够研究细胞异质性和细胞间相互作用,很多研究正在通过分析肿瘤细胞和免疫细胞相互作用来预测患者对免疫治疗的反应来个性化治疗。所以该研究对从LUAD样本中获得的scRNA-seq和bulk RNA-seq数据进行全面评估,旨在辨别T细胞标记基因并建立预后特征,并通过GEO队列进一步验证该特征的预测能力。
1.重新分析已有的scRNA-seq数据,鉴定到癌症样本中细胞异质性。 2.进行细胞间通讯分析,找到关键信号通路上的配受体对。 3.使用bulk RNA-seq验证信号通路上配受体表达,排除假阳性。 4.用TCGA和GTEx两个队列,根据配受体对的基因表达进行生存分析预后。 中文题目: ...
背景:通过整合单细胞和bulk RNA测序开发一种预后特征来预测GC的结果。 方法:①从TISCH2数据库中检索到的scRNA-seq图谱来筛选出CD8+T细胞特征基因;②利用Cox和LASSO回归构建基于这些CD8+T细胞特征基因的TCGA队列预后模型;③进行生存分析以研究特征对TCGA和GEO队列中GC患者临床结局的预测能力;④从免疫浸润、TMB、ICB表达...
对illumina数据进行处理,利用 RNA-Seq 发现新的 RNA 变体和剪接位点,或量化 mRNA 以进行基因表达分析等。对两组或多组样本的转录组数据,通过差异表达分析和对所发现的差异表达基因集合进行功能富集分析以推断生物学功能。 数据准备: 数据下载: Humangenome(GRCh38/hg3):Index of /goldenPath/hg38/chromosomes (ucs...