具有KRAS突变的CRC样本具有较高的PRS(图3I)。除此之外,根据GEO队列中的RNA表达数据预测了CRC样本的CMS。将82个CRC样本划分为CMS1,其特征为微卫星不稳定性(MSI);将160个样品分为CMS2,具有微卫星稳定性(MSS);将89个样本分为具有分化和脂肪酸代谢特征的CMS3;将160个样本分为CMS4,其特征为上皮-间充质转化(EMT...
1.重新分析已有的scRNA-seq数据,鉴定到癌症样本中细胞异质性。 2.进行细胞间通讯分析,找到关键信号通路上的配受体对。 3.使用bulk RNA-seq验证信号通路上配受体表达,排除假阳性。 4.用TCGA和GTEx两个队列,根据配受体对的基因表达进行生存分析预后。 中文题目: scRNA-seq和bulk RNA-seq 揭示与浆液性卵巢癌中较差...
二、材料方法: 来自GEO数据库的一套AD PBMC单细胞RNA sequencing数据作为训练集,一套小鼠NK细胞单细胞数据作为验证集;来自GEO数据库的一套AD大脑bulk RNA-seq数据;免疫相关基因来自ImmPort;常规单细胞分析流程,AUCell评估基因集活性;功能富集;PPI网络。 三、结果: 1.AD中PBMC单细胞表达谱 很常规的单细胞前期分析结果...
首先通过scRNA-seq数据中的聚类分析来鉴定参与HF的髓系细胞,以识别细胞类型,比较不同组之间的细胞组分,并使用大量RNA-seq数据进行基因集富集分析(GSEA)。 然后,分析了各组骨髓细胞的差异表达,并使用Metascape探索了这些基因在差异表达中的功能。 对细胞相互作用的进一步分析表明,MIF信号通路中的分子在HF中显着上调,并...
今天给大家介绍的就是这篇发表在《Frontiers in Genetics》上题为"Integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing reveals the interaction of PKP1 and tumor-infiltrating B cells and their therapeutic potential for nasopharyngeal carcinoma"的文章,IF=4.8。作者在文章的Acknowledgement也是对我们进行了...
1.Bulk RNA-seq是入门生物信息学的好途径,是学习后续进阶内容(如单细胞RNA-seq和空间RNA-seq)的基础,如果没有接触过Bulk RNA-seq,一开始就去学习单细胞RNA-seq,学习难度和成本会大大增加; 2.Bulk RNA-seq在过去、现在和未来的应用场景:十几年前Bulk RNA-seq刚出现的时候,简单测序和分析就可以发表一篇令人满意...
以前写过不少零散的 RNA-Seq 分析文章,现在整理为流程,同时修改一些错误。 流程包含质控、比对、定量、差异分析。 流程概况 前处理 拿到原始 fastq 数据先进行前处理。前处理包含质控、比对和定量。质控采用 fastqc/fastp; 比对用 hisat2 或者不比对,用 salmon 直接定量;比对后用 featureCounts 进行 reads 定量,用...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)可以从微环境异质组织中区分细胞类型、状态和谱系,为生物医学研究和临床实践带来了革命性变化。单细胞数据分析使用无监督聚类方法能定义多达数十个细胞类型,从而评估每个细胞簇的重要性。识别多样化的表型,包括疾病分期、肿瘤转移、基因变异、治疗反应和生存结果等相关的细胞亚群对促进靶向治疗以及...
目的: 对illumina数据进行处理,利用 RNA-Seq 发现新的 RNA 变体和剪接位点,或量化 mRNA 以进行基因表达分析等。对两组或多组样本的转录组数据,通过差异表达分析和对所发现的差异表达基因集合进行功能富集分析以推断生物学功能。 数据准备: 数据下载: Human geno
bulk RNA-seq:自测加下表中的公共队列。 编者按:这里的单细胞数据,作者用的是自测数据,但是基于公共数据也ok~ 三.研究结果 (1)单细胞图谱构建 首先,作者对单细胞数据进行降维聚类,将细胞分为21个cluster,并根据经典marker将细胞鉴定为8个大的细胞群(如T cell,B cell等)。其次,作者通过对单一细胞群进行二次聚类...