今年5月,浙江大学医学院附属邵逸夫医院章仲恒教授团队综合单细胞RNA-seq和BulkRNA-seq分析探索了UTI对脓毒症的潜在机制。该研究结果已以论文《Integrated Single Cell and Bulk RNA-Seq Analysis Revealed Immunomodulatory Effects of Uli...
1.Bulk RNA-seq(大量RNA-seq)、scRNA-seq、snRNA-seq的区别? (转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细...
众所周知,RNAseq可以分为Bulk-RNAseq与scRNAseq。Bulk-RNAseq的数据量较小,单个raw fastq.gz文件<5G,普通的Mac笔记本就可以带得动,做比对和定量,完全自足;但是scRNAseq数据量较大,单个raw fast.gz文件 > 60G,且需要专门的软件,例如10x Genomics 需要配合CellRanger软件;墨卓单细胞测序平台需要配合Mobivision软件;...
与此同时,基于bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq进行GSEA分析(图4E和F),bulk RNA-seq分析的结果表明,高FeAS GBM样本中自然杀伤细胞增殖、白细胞介素-6介导的信号通路的负调控、高样本中巨噬细胞分化等通路;在低FeAS GBM样本中,谷氨酸分泌的正调控、谷氨酸受体信号通路的调控等通路被激活。在单细胞RNAseq分析中,炎症...
Bulk RNA-seq研究能保证测序深度,实现转录本的均匀覆盖,但特异性不足;scRNA-seq研究能精细到细胞水平,去除污染,保证基因检出的高特异性,但低丰度细胞类型,转录本检出的敏感性又差。很多研究开始两种技术结合使用,追赶热点的同时,实现优势互补,提升基因表达检测的全面性和准确性。
1.重新分析已有的scRNA-seq数据,鉴定到癌症样本中细胞异质性。 2.进行细胞间通讯分析,找到关键信号通路上的配受体对。 3.使用bulk RNA-seq验证信号通路上配受体表达,排除假阳性。 4.用TCGA和GTEx两个队列,根据配受体对的基因表达进行生存分析预后。 中文题目: ...
普通转录组测序（Bulk RNA-seq）是提取组织、器官、群细胞的TotalRNA进行测序，得到的是一群细胞中单个基因的平均表达水平，用来比较不同组织间的表达差异，但对内部细胞异质性较强的系统很多异常基因表达的信息会出现丢失。单细胞转录组测序（scRNA-seq）在单个细胞水平上构建每个细胞的基因表达谱，反映细胞异质性，...
本研究整合腰椎间盘组织的总RNA和单细胞RNA测序数据进行了一系列生物信息学分析,鉴定了腰椎间盘免疫微环境中的重要免疫细胞并通过WGCNA筛选出了与免疫细胞丰度相关的Hub基因;通过单细胞测序数据再现了椎间盘的细胞异质性并探索了Hub基因在单细胞水平的表达模式;基于Hub基因的表达情况,NP细胞的异质性也被进一步揭示;最终...
首先使用CTL特异性基因的平均表达来评估bulk RNA-seq数据集中每个样本的CTL水平。然后,根据平均CTL水平,将患者分成高CTL组和低CTL组。随后评估了每个间质亚群的signature(差异表达基因)是否影响CTL水平,进而对患者预后产生影响。结果发现iCAF特征基因显著富集了与CTL功能障碍相关的基因。在iCAF功能障碍signature表达水平较...
小云这次是以“T细胞”方向为例,带小伙伴们看看单细胞与bulk-RNA数据分析联合,在免疫方向生信中的提分效果。文章利用单细胞数据筛选T细胞亚群和标记基因,然后利用标记基因在bulk-RNA数据中建模并分析,纯生信就轻松拿下6分+的文章,创新性足足的!还是那句话,还在观望的小伙伴,看到这个思路心动的话就快行动起来吧!