scRNA-seq和BulkRNA-seq是转录组学的两个重要分支，所以它们的联合分析是以验证性为主。将二者联合分析作为验证，基于表达模式相关性，利用 Bulk RNA-Seq 数据进行评估，明确单细胞测序分析结果的准确性，或者两种测序结果也可以相互印证。接下来一起看看Bulk RNA-seq& scRNA-seq有哪些？在文章中是如何应用的？No.1...
scRNA-seq揭示了平滑肌细胞亚群对动脉粥样硬化发生的作用 组学研究样本设计: Bulk RNA共40例:3只WT,3只3S-ASCVD,各取AS易发和AS抗性共7个区域的动脉进行RNA-seq。 scRNA共7例:一只WT和一只3S-ASCVD的AS易发区域的髂动脉和AS抗性区域的锁骨下动脉,以及三名患者颈动脉粥样硬化组织标本,进行scRNA-seq。 蛋白组共6...
众所周知,RNAseq可以分为Bulk-RNAseq与scRNAseq。Bulk-RNAseq的数据量较小,单个raw fastq.gz文件<5G,普通的Mac笔记本就可以带得动,做比对和定量,完全自足;但是scRNAseq数据量较大,单个raw fast.gz文件 > 60G,且需要专门的软件,例如10x Genomics 需要配合CellRanger软件;墨卓单细胞测序平台需要配合Mobivision软件;...
1.借助公共bulk RNA-seq数据分析了CCA的免疫微环境。 2.进一步通过H&E、IHC、MIHC等病理方法区分不同成熟阶段的TLS。 3.借助H&E染色组织切片将样本分为TLS阴性组和TLS阳性组,用bulk RNA-seq寻找差异基因,筛选TLS marker,并用IHC方法进行了验证。 4.根据TLS在肿瘤的不同区域进行划分,研究发现TLS在不同区域的不...
该研究整合了Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,系统探索了UTI在脓毒症中的潜在机制。结果显示,UTI通过是调节中性粒细胞活性来介导免疫调节作用。UTI对改善器官功能障碍的严重程度起着有益的作用。进一步的分析发现,与中性粒细胞具有形...
通过整合单细胞测序和 bulk RNA-seq 分析,我们确定了一个 iCAF 相关特征,该特征将 BCa 患者分为具有不同分子特征的两个亚型。该特征在预测 TCGA-BLCA、GEO-meta 和三个 ICI 治疗队列中的免疫疗法/化疗的预后方面表现出稳健性。随后的分析确定了不良预后、免疫反应受损和 M2 浸润的中枢基因 LOXL2。此外,LOXL2...
由于可用的具有已知细胞组成的TME RNA-seq数据集十分有限,研究团队开发了组织和血液的人工RNA-seq,用于训练Kassandra算法,以稳健地识别不同的细胞群。所有可用的分类细胞群和癌症细胞系的组合被生成,以构建癌症特异性的人工转录组,模仿生物变异性。最终,共产生1800万和800万转录组,分别用于训练Kassandra-Tumor和Kassandra-...
从bulk RNA-seq角度来看,用差异可变剪切来衡量是否有转录本的差异似乎有些鸡肋!目前,已经有不少软件可用于转录本表达定量,如kallisto、salmon等,如果单纯的想从转录本水平的丰度看是否有差异,使用这些软件定量后,再做个差异分析,这岂不是更直接了当,还需要可变剪切这样较隐晦的方式么?
激活的IFN-JAK-STAT信号也见于外周血,突出了SjD的全身免疫系统失调。通过JAKi调节JAK-STAT通路,在体外条件下表明无细胞毒性且有效。这些结果表明托法替尼(JAK抑制剂药物)是SjD患者的潜在治疗策略。 04 主要结果 图2 MSG scRNA-Seq 图3 PBMC scRNA-Seq
Bulk RNA-seq技术原理: 1. 提取RNA:从样品中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等。 2. RNA库构建:将提取的RNA进行反转录,并通过PCR扩增,构建成RNA-seq文库。 3.测序:将文库通过高通量测序技术测序,得到大量的RNA序列数据。 4. 数据分析:对RNA序列数据进行质量控制、比对到基因组和转录组、基因表达量计算和差异...