其原理是基于 RNA-Seq 技术中使用的建库方法。在建库过程中,首先将 RNA 片段反转录为 cDNA,并在其 3'端加上接头序列。然后,通过 PCR 扩增 cDNA 片段,产生大量的带有接头序列的 cDNA 分子。这些 cDNA 分子在测序过程中会产生大量的 reads(读取序列)。 在Bulk RNA 去重过程中,首先将所有样本的 reads 合并在一...
基于这些solid的基础分析,就能做一些高级分析,主要是拿到peak、bam文件,就能在R里自由翱翔了。 目前M60这个项目的数据太丰富了,bulk的RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq,Cut&Run,可重复性还行,缺点就是模型过于简单,来自几个cancer cell line。 注意:所有bulk的数据都要设定严格的read mapping filter,而single-cell则可...