项目存放在BSA_pipeline, 测序数据存放项目下的data/seq中,分析脚本则是scripts,分析得到的结果则是在analysis。 这是一个比较好的分析习惯,我深有感触,在开始我做分析时,各种文件夹就是乱放,结果时间一久就不知道,那个文件是什么内容,里面有什么。自己想找个文件非常的困难。 数据获取和清洗 数据由SHOREmap提供,分...
在标记过重复序列后需要根据BWA比对结果提供的CIGAR(Compact Idiosyncratic Gapped Alignment Report) 值进行InDel的重新比对,BWA对错配 (mismatch) 特别是InDel附近或者连续出现的多聚核苷酸(比如:连续的多个T或者A等)的容忍度相对较高,这样会产生一些错误的标记,纠正这些位点对于后续的SNP和InDel分析有着非常重要的作用...
BSA-Seq是一种结合集群分离分析法与高通量测序技术的分析方法，旨在快速定位与特定性状相关的基因或QTL。BSA-Seq分析主要步骤包括群体构建、表型鉴定、DNA样本提取与混池构建、高通量测序和生物信息学分析。以该研究为例，通过高通量测序寻找变异位点与表型数据关联，发现茶树中CsANS和CsMYB75存在大量SNP和IN...
本研究利用BSA-seq分析方法和基于SSR构建遗传图谱进行QTL定位分析方法,成功地在水稻品种IR77298-14-1-2::IRGC117374-1中鉴定出一个新的与抗稻曲病相关的候选区间,并预测了该区间的候选基因。这一发现为水稻抗稻曲病育种提供了重要的信息和指导。 本研究的BSA测序和分析由上海派森诺生物科技股份有限公司完成。 研究...
BSA-Seq分析通常包括以下步骤：项目建立、数据获取与清洗、序列比对、SNP Calling（单核苷酸多态性检测）以及确定候选区域。分析流程的每一步都需精心设计和执行，以确保数据的准确性和分析结果的可信度。项目建立是分析流程的第一步，涉及项目结构规划，包括数据存放目录和脚本组织。有序的数据管理有助于保持...
GO 功能富集分析表明，19个候选基因集中于NADP +活性、醛糖醇代谢、碳利用和调控细胞发育等功能条目。本研究为进一步研究棉纤维衣分形成的遗传机制奠定了一定的 基础。关键词：衣分；BSA-seq ；QTL Identification of Candidate Genes A ssociating with F iber Lint P ercentage U sing BSA-seq ZHAO Yan 1...
视频讲演本地界面化BSAseq数据分析 使用「TBtools」在 Windows、MacOS下,本地完成 BSAseq 数据分析! 服务「种业振兴」需要,基于 Plugin 开发并释放了 BSAseq 数据分析的四个界面化插件: 1. BWA-MEM 2. SAMtools 3. BCFtools 4 QTLseqR 所有用户,可以在「TBtools」中简单点点点就完成从测序数据到QTL区间的分析...
其中,BSA-seq与GBS测序的结合可以有效地缩短种群基因型定位所需的时间。 集思慧远可为您提供完整的生物学服务链,真正实现全面组学分析、生理指标及分子实验一条龙,让您免去来回送样、检测、整合数据的繁琐步骤,从售前到售后提供最精准、全面、高效、便捷的科研技术服务。
TBtools重现NSR柑橘无融合生殖论文分析与图稿 写在前面 BSAseq 可以说是目前大多数作物进行性状连锁基因定位与克隆的常见策略。这一策略,也早已被广泛应用于各种各样的作物育种工作。当然,最初的 BSAseq 策略针对的是纯系亲本材料,而在后续测序通量的提高,统计方法和指标的优化。从某种程度上来说,在没有纯系亲本...
聚焦于BSR-seq分析，此技术基于两个极端混池的转录组测序数据，通过ED方法进行统计计算。在数据处理的前期阶段，首先进行比对和排序。接着，使用bcftools工具进行变异检测，确保数据质量。变异检测后，通过ED方法进行统计计算，并绘制出相应的图表，以直观呈现分析结果。团队成员可通过加入学习交流群，共同探讨...