表1 BSA-seq样本的测序数据统计 表2 每个样本的基因型统计(SNPs) 表3 每个样本的基因型统计(Indels) 3. BSA-Seq的关联分析 使用ED值分析法进行BSA性状定位分析,在12号染色体上共鉴定到3个相关区域,区间范围分别为0.57 Mb(10.58-11.15 Mb)、3.07 Mb(16.56-19.63 Mb)和2.21 Mb(21.49-
❝ 「因业务拓展,想组建一个数据分析团队(目前已有RNA-Seq、Chip-Seq、重测序与群体遗传、基因家族、比较基因组、宏基因组、微生物多样性16s/18s/ITS方向专业人员),欢迎有各种数据分析基础的朋友加入我们! ——Bioinfor 生信云」 ❞ BSR-seq 基于2 个极端混池的转录组测序数据进行 BSA 分析,使用 ED方法进行...
视频讲演本地界面化BSAseq数据分析 使用「TBtools」在 Windows、MacOS下,本地完成 BSAseq 数据分析! 服务「种业振兴」需要,基于 Plugin 开发并释放了 BSAseq 数据分析的四个界面化插件: 1. BWA-MEM 2. SAMtools 3. BCFtools 4 QTLseqR 所有用户,可以在「TBtools」中简单点点点就完成从测序数据到QTL区间的分析...
BSA-Seq是一种结合集群分离分析法与高通量测序技术的分析方法，旨在快速定位与特定性状相关的基因或QTL。BSA-Seq分析主要步骤包括群体构建、表型鉴定、DNA样本提取与混池构建、高通量测序和生物信息学分析。以该研究为例，通过高通量测序寻找变异位点与表型数据关联，发现茶树中CsANS和CsMYB75存在大量SNP和IN...
服务「种业振兴」需要,基于 Plugin 开发并释放了 BSAseq 数据分析的四个界面化插件: 1. BWA-MEM 2. SAMtools 3. BCFtools 4 QTLseqR 所有用户,可以在「TBtools」中简单点点点就完成从测序数据到QTL区间的分析。 前述,对应每一个插件分别写了推文,但可能看起来不是很直观。于是花了大半个小时,简单录制了一个...
BSA-Seq分析通常包括以下步骤：项目建立、数据获取与清洗、序列比对、SNP Calling（单核苷酸多态性检测）以及确定候选区域。分析流程的每一步都需精心设计和执行，以确保数据的准确性和分析结果的可信度。项目建立是分析流程的第一步，涉及项目结构规划，包括数据存放目录和脚本组织。有序的数据管理有助于保持...
在基于目标性状共分离位点的基因型差异的数据分析中(如BSA或连锁作图定位),来自P2的随机单倍型会引入噪音(如图1A中的橙色峰),这会严重影响基因型频率的计算,导致目标信号的偏差或丢失。在这种情况下,当使用F1代群体中两个表皮颜色差异的混池进行BSA-seq分析时,由单倍型h3和h4引入的噪音会大大降低QTL定位信号的敏感...
Gradedpool-seq(Ridit检验) Gradedpool-seq的概念在2019年由韩斌和黄学辉课题组提出并发表于Nature Communication(Wang et al., 2019)。这种方法与常规BSA类似的是,它也是基于性状分离群体中按照性状选择子代个体构成混池(通常加上亲本)进行测序,并进行QTL定位的方式。Ridit是relative to an identified distribution unit...
聚焦于BSR-seq分析，此技术基于两个极端混池的转录组测序数据，通过ED方法进行统计计算。在数据处理的前期阶段，首先进行比对和排序。接着，使用bcftools工具进行变异检测，确保数据质量。变异检测后，通过ED方法进行统计计算，并绘制出相应的图表，以直观呈现分析结果。团队成员可通过加入学习交流群，共同探讨...
混合分组分析(Bulked-Segregant Analysis, BSA),又叫QTL-seq,用于质量性状或有主效基因的数量性状的基因定位,在遗传育种方面具有广泛的应用。选择两个性状差异较大的亲本进行杂交,对性状表型极端的子代进行DNA混池测序。通过计算两个混池基因型频率的差值,确定与性状相关的QTL所在的区域。进一步结合该区间的编码基因的...