流程介绍 BSA-Seq 在正向遗传学定位时也称之为Mapping-by-Sequencing, 分为如下5步: 物理或化学(EMS)诱变 群体构建方案选择:outcross 或 backcross(植物群体优先考虑) 挑选目标表型的群体 上机测序 数据分析 我们主要关心的是数据分析这一步,可以继续分为: 数据清洗, 过滤掉不合格的reads 序列比对, 常用软件为
BSA-Seq分析通常包括以下步骤：项目建立、数据获取与清洗、序列比对、SNP Calling（单核苷酸多态性检测）以及确定候选区域。分析流程的每一步都需精心设计和执行，以确保数据的准确性和分析结果的可信度。项目建立是分析流程的第一步，涉及项目结构规划，包括数据存放目录和脚本组织。有序的数据管理有助于保持...
在基于目标性状共分离位点的基因型差异的数据分析中(如BSA或连锁作图定位),来自P2的随机单倍型会引入噪音(如图1A中的橙色峰),这会严重影响基因型频率的计算,导致目标信号的偏差或丢失。在这种情况下,当使用F1代群体中两个表皮颜色差异的混池进行BSA-seq分析时,由单倍型h3和h4引入的噪音会大大降低QTL定位信号的敏感...
在BSA-seq的建库过程中,一般可以根据特异性引物的设计和合成情况来评估过滤效果。对于特异性引物的筛选,可以根据引物的Tm值、BLAST分析等方法来评估引物的特异性。对于杂交DNA的过滤,可以通过扩增产物的电泳分析、测序数据的比对和SNP位点的识别等方法来评估过滤效果。通过多个评估指标的综合分析,可以得出合理且适用的BSA...
BSA分析是一种基于高通量测序技术的基因定位方法，其背景介绍主要包括以下几点：MutMap方法：技术基础：利用高通量测序技术，以SNP替代传统marker。应用对象：主要用于对隐性突变基因进行分析。实验流程：通过EMS诱变、回交和F2群体的分离，利用SNPindex检测突变区域。高精度定位：通过GradedPoolSeq和QTGseq等方法...
目标性状区域定位及基因筛选和注释 第六天:QTL-seq数据分析 QTL-seq方法讲解 SNP-index、ED值等计算 基于亲本+2子代混池进行QTL-seq分析 仅基于2子代混池进行QTL-seq分析 目标性状区域定位及基因筛选和注释 第七天:BSR数据分析及课程总结 RNA-seq数据BSA分析(BSR)方法讲解 BSR分析适用情况 ...
scRNA数据分析流程 rna seq数据分析 mRNA-seq数据分析1. 使用fastQC及multiQC对原始测序结果进行质控2. bowtie2去除测序数据中rRNA --约去除0.2%的rRNA数据3. hisat2进行参考基因组比对 --全比对率高于94%证明测序数据质量较好4. samtools转换文件格式5. featureCount对基因表达数据进行定量6. 基因表达数据转化为...
Gel-purified products were then diluted for pair-end sequencing (Each end 150bp) on an Illumina HiSeq X ten system using standard protocol (Illumina, Inc; San Diego, CA, USA) . SNP identification and genotyping Low-quality reads (quality score < 20e) were filtered out and then raw reads...
OK,分析结果与王楠博士文章上的图进行比较(颜色等细节可以自己用R调整) 7. 总结下流程 写在最后 非常精彩的复现工作。整体流程和结果或说明以下几点: 高杂合果树材料也可使用BSAseq尝试,测序成本不高,何乐不为? TBtools BSAseq 系列插件成熟,我们为育种科研工作提供了助力 ...
QTL-seq 价格: 在线询价 地址:南京 周期:45工作日 查看商家电话 服务描述 服务简介 实验流程 先提DNA再等量混合。 --- 样品要求 一般每个子代池混合的子代个体数为>=20个个体。测序深度的建议策略为:亲本10x左右,每个混合池为20x左右, --- 交付结果 1, 原始序列数据 2 ,测序数据质量评估 3, 比对统计 4...