混合分组分析(Bulked-Segregant Analysis, BSA),又叫QTL-seq,用于质量性状或有主效基因的数量性状的基因定位,在遗传育种方面具有广泛的应用。选择两个性状差异较大的亲本进行杂交,对性状表型极端的子代进行DNA混池测序。通过计算两个混池基因型频率的差值,确定与性状相关的QTL所在的区域。进一步结合该区间的编码基因的...
根据不同的遗传群体材料和遗传设计,派森诺标准分析包括七种分析方法:针对自然群体的Δ(SNP-index)、适合EMS诱变材料构建的遗传群体MutMap法(Abe et al., 2012)、针对亲本数据缺失或林木类较难构建F2群体的欧氏距离法(ED)(Hill et al., 2013)、2~4个不同梯度子代混池的Graded Pool-seq(GPS)法(Wang et al.,...
Su AG, Song W, Xing JF, et al. Identification of genes potentially associated with the fertility instability of S-type cytoplasmicmale sterility in maize via bulked segregant RNA-seq. PloS One, 2016. 11(9):e0163489. Takagi H, Abe A, Yoshida K, et al. QTL-seq: rapid mapping of quant...
(next generation sequencing, NGS)和 混池分析(bulk segregation analysis, BSA)方法,鉴 定广西普通野生稻基因组中与株高相关的 QTL,进 而筛选出在株高调控中可能起到关键作用的候选基 因.同时,运用 RNA-seq 分析进一步验证这些候选 基因在株高调控过程中的表达量与水平,为进一步 探究水稻株高调控机制提供了...
随着RNA-seq的发展,植物生长发育中的农艺改良可以通过改良品种中表达谱的改变来检测,例如受精,灌溉,除草和病虫害防治等。研究这些表达谱改变可以指导高效、低成本且环境友好的作物改良[2]。然而,这方面研究主要面临材料背景复杂和多重环境因素的影响,转录组的变化在不同时空条件下也不同。
RNAseq SNPs + Indels Germline CNVs种系拷贝数变异(Copy numbervariations, CNVs)主要指大于1kb 以上的DNA片段的缺失、插入、重复等。一般是结构性变异 Somatic CNVs体细胞拷贝数变异1、2、4、5适合DNA测序分析,3适合RNA测序分析。’官方文档 开始分析 GATK4.0全基因组和外显子组分析实战 软件: fastqc检测质量 fas...
3.36 Mb)、18号染色体44,366,115~54,297,600 bp区间(总长为9.93 Mb)等区域内。将BSA-Seq结果与转录组测序结 果进行联合分析发现, 有12个基因相关联; 最后, 结合生物信息学分析、候选基因的表达模式和基因的同源注释, 锁 定CNGC4、WRKY16转录因子、AAP7、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶、ZPR1B等12个基因为控制豆...
本研究 将通过构建'小白冬麦'与感病材料'陕 优 225'的 F2:3 作图群体,基于 SLAF-Seq结 合 BSA 方法进 一步缩小 mlxbd 所在染色体候选区域,基于序 列 差异查找 SNP 和Indel.并通过生物信息学数 据 库对定位染色体 区间内的候选基因进行分析,为 进一步图位 克隆抗白粉病基因 mlxbd 以及深入 研究Pm5...
Su AG, Song W, Xing JF, et al. Identification of genes potentially associated with the fertility instability of S-type cytoplasmicmale sterility in maize via bulked segregant RNA-seq. PloS One, 2016. 11(9):e0163489. Takagi H, Abe A, Yoshida K, et al. QTL-seq: rapid mapping of quant...
优点:相对于传统整个群体的分析,BSA通过简化流程显著降低分析量和成本,通过选择群体中的极端表型个体或者代表性个体就可以构建混池;可使用个体标记、微阵列和高通量测序的手段检测样本DNA、RNA和蛋白质等,简便易行。 缺点:对于多基因控制的复杂形状,BSA效力不足;BSA对遗传效应的估计可能会偏离实际,且不能检测表观变异...