BSA-Seq 在正向遗传学定位时也称之为Mapping-by-Sequencing, 分为如下5步: 物理或化学(EMS)诱变 群体构建方案选择:outcross 或 backcross(植物群体优先考虑) 挑选目标表型的群体 上机测序 数据分析 我们主要关心的是数据分析这一步,可以继续分为: 数据清洗, 过滤掉不合格的reads 序列比对, 常用软件为BWA, Bo
BSA(Bulk Segregant Analysis,混合分组分析法)是基因定位研究中常用的一种方法。随着新一代测序(NGS)技术的日益成熟及其成本的显著下降,BSA与NGS的结合(即BSA-seq)已成为基因定位的首选方法之一。从专门针对EMS诱变的MutMap方法,到适用于不同群体(如F1、F2、RIL等)的多种分析技术(如QTL-seq、ED、G’等),BSA-se...
BSA-Seq是一种结合集群分离分析法与高通量测序技术的分析方法，旨在快速定位与特定性状相关的基因或QTL。BSA-Seq分析主要步骤包括群体构建、表型鉴定、DNA样本提取与混池构建、高通量测序和生物信息学分析。以该研究为例，通过高通量测序寻找变异位点与表型数据关联，发现茶树中CsANS和CsMYB75存在大量SNP和IN...
❝ 「因业务拓展,想组建一个数据分析团队(目前已有RNA-Seq、Chip-Seq、重测序与群体遗传、基因家族、比较基因组、宏基因组、微生物多样性16s/18s/ITS方向专业人员),欢迎有各种数据分析基础的朋友加入我们! ——Bioinfor 生信云」 ❞ BSR-seq 基于2 个极端混池的转录组测序数据进行 BSA 分析,使用 ED方法进行...
本研究利用BSA-seq分析方法和基于SSR构建遗传图谱进行QTL定位分析方法,成功地在水稻品种IR77298-14-1-2::IRGC117374-1中鉴定出一个新的与抗稻曲病相关的候选区间,并预测了该区间的候选基因。这一发现为水稻抗稻曲病育种提供了重要的信息和指导。 本研究的BSA测序和分析由上海派森诺生物科技股份有限公司完成。
Gradedpool-seq的概念在2019年由韩斌和黄学辉课题组提出并发表于Nature Communication(Wang et al., 2019)。这种方法与常规BSA类似的是,它也是基于性状分离群体中按照性状选择子代个体构成混池(通常加上亲本)进行测序,并进行QTL定位的方式。Ridit是relative to an identified distribution unit一词的缩写,它是一种非参数...
BSA-Seq分析，又称Mapping-by-Sequencing，是一种通过群体分析法确定特定基因组区域与表型性状关联的遗传学方法。在这一过程中，群体测序数据的准确性极为重要，直接关系到后续数据分析的可靠性。BSA-Seq分析通常包括以下步骤：项目建立、数据获取与清洗、序列比对、SNP Calling（单核苷酸多态性检测）以及确定...
1.2?? 试验方法 1.2.1?? BSA-Seq群体构建将早衰突变体w14与粳稻品种日本晴杂交得到F1杂交种,F1套袋自交并分单株收获得到F2种子,F2群体种植于田间生长至孕穗期时进行表型调查和取样,早衰突变型单株和野生型单株各取100个,分别提取DNA,进行DNA浓度测定后稀释成相同的浓度再等量混合,分别构成隐性基因池和显性基因池,...
使用「TBtools」在 Windows、MacOS下,本地完成 BSAseq 数据分析! 服务「种业振兴」需要,基于 Plugin 开发并释放了 BSAseq 数据分析的四个界面化插件: 1. BWA-MEM 2. SAMtools 3. BCFtools 4 QTLseqR 所有用户,可以在「TBtools」中简单点点点就完成从测序数据到QTL区间的分析。 前述,对应每一个插件分别写了推...