BS-seq可以全面分析DNA甲基化水平及其变化。它可以检测不同样本之间的DNA甲基化差异:包括不同发育阶段的DNA甲基化差异,这对理解发育过程中的表观遗传调控机制至关重要;外部环境因素可以影响DNA甲基化,BS-seq可以帮助我们了解环境因素如何通过甲基化改变基因表达,从而影响植物的生长发育。此外,BS-seq还可以比较突变体与野...
BS-seq通过将DNA暴露于亚硫酸盐的处理下,将未甲基化的胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(T),而甲基化的胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)不受影响。随后,通过高通量测序技术对DNA进行测序,进而获得每个碱基的甲基化信息。 BS-seq的实验步骤主要分为DNA提取、亚硫酸盐处理、测序建库和测序等几个关键步骤。首先,需要从待测样本...
一文读懂DNA甲基化及BS-seq 什么是DNA甲基化 DNA甲基化是一个生物过程,它会在在DNA分子中引入甲基化基团,但是甲基化并不会改变序列本身,而会改变DNA片段的活性。 在哺乳动物中,DNA甲基化对于正常发育必不可少,而且与很多生物学现象有密切联系,包括基因组印迹,X染色体失活,转座因子招募,衰老和致癌作用。 胞嘧啶甲...
BS-seq全称是Bisulfite sequencing,其原理很简单,就是原始DNA序列在被亚硫酸盐处理后,未甲基化的C会变成U(随后的DNA复制中变成T),而甲基化的C(包括5mC, 5hmC)则不受改变。这是BS-seq的核心点,之后的序列比对也都是基于此。 3. BS-seq的比对方法 目前有很多BS-seq数据比对的方法,最经典的方法就是BSMAP,参...
BS-seq即在测序之前使用亚硫酸氢盐处理DNA以确定甲基化水平。其原理主要是，用亚硫酸氢盐处理DNA可将胞嘧啶残基（C）转化为尿嘧啶（U），但5-甲基胞嘧啶残基（5mC）对其有抗性，并不会发生转变。因此，亚硫酸氢盐处理引入了依赖于单个C残基甲基化状态的DNA序列的特定变化，从而产生有关DNA片段甲基化状态的单...
bsseq要求的原始数据格式如下: 共6列数据,制表符分隔,每一行代表一个甲基化位点,前5列很好理解,描述甲基化位点的染色体位置和类别,默认情况下bbseq用于分析CpG类型的甲基化位点。当然其他类型的数据,比如CHG,CHH也支持,但是需要调整参数。Cov代表覆盖到这个位点的reads数,M代表其中发生了甲基化的reads数目。
图 BS-seq实验原理。上图中，蓝色的核苷酸是被亚硫酸氢盐转化为尿嘧啶（U）的未甲基化的胞嘧啶（C），红色的核苷酸是对转化具有抗性的5-甲基胞嘧啶（5mC），总的来说，样本用Bisulfite处理，将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U，进行PCR扩增后变成T，与原本具有甲基化修饰的C碱基区分开来，再结合高通量测序...
BS-seq技术原理!, 视频播放量 135、弹幕量 0、点赞数 1、投硬币枚数 0、收藏人数 4、转发人数 0, 视频作者 康测科技, 作者简介 ,相关视频:m6A meRIP-seq技术介绍!,ATAC-seq 讲解,绝对定量转录组测序 UMI RNA-seq保姆级介绍,m5C meRIP-seq技术介绍!,m5C bsRNA-seq技
近日,华中农业大学周道绣教授团队利用BS-seq和对应的RNA-seq分析了水稻雄性减数分裂细胞、微孢子和精子中的DNA甲基化,并研究了一组染色质调控因子在这一过程中的功能。研究结果揭示了DNA甲基转移酶和组蛋白去甲基化酶在CHG甲基化重编程中的不同功能,并表明CHG甲基化重编程对雄配子发生和受精具有功能性意义。相关研究...
从根本上说,MethylC-Seq技术实际上就是Bisulfite Sequencing (BS-Seq)方法的优化版本。或者谈不上优化,个人理解是两者面向的需要处理的基因组大小不太一样。 BS-Seq 实验原理:以重亚硫酸盐处理基因组 DNA,发生甲基化的胞嘧啶不变,而未甲基化的 胞嘧啶会变成尿嘧啶,经过 PCR 扩增,原本的 C/G 就变成 T/A,可...