BS-seq通过将DNA暴露于亚硫酸盐的处理下,将未甲基化的胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(T),而甲基化的胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)不受影响。随后,通过高通量测序技术对DNA进行测序,进而获得每个碱基的甲基化信息。 BS-seq的实验步骤主要分为DNA提取、亚硫酸盐处理、测序建库和测序等几个关键步骤。首先,需要从待测样本...
作者通过BS-seq和转录组分析揭示了林地草莓（Fragaria vesca）DNA甲基化因子1（FDM1）通过调控DNA甲基化，从而影响林地草莓叶片、花朵和果实大小，表明了RdDM在草莓生长发育过程中的关键调控作用。
基因编辑:通过在拟南芥中引入V1200R突变,研究者们增强了CMT2的CHG甲基化活性。 DNA甲基化分析:利用全基因组亚硫酸盐测序(WGBS-seq)技术分析CMT2和CMT2V1200R对全基因组甲基化水平的影响。 转录组测序:通过RNA-seq分析CMT2V1200R介导CHG甲基化对基因表达的影响。 自然变异分析:分析自然条件下的CMT2变异,以及这些...
WGBS（Whole-genome bisulfite sequencing），其实也是BS-seq。图 BS-seq检测流程。服务流程 服务流程 客户在线下单——订单/实验材料确认——基因组DNA提取并定量——亚硫酸氢钠处理——DNA纯化后回收——PCR扩增建库——高通量测序——数据分析——结果交付 服务内容及说明 服务内容及说明 适用范围 1、发育过程中DNA...
一文读懂DNA甲基化及BS-seq 什么是DNA甲基化 DNA甲基化是一个生物过程,它会在在DNA分子中引入甲基化基团,但是甲基化并不会改变序列本身,而会改变DNA片段的活性。 在哺乳动物中,DNA甲基化对于正常发育必不可少,而且与很多生物学现象有密切联系,包括基因组印迹,X染色体失活,转座因子招募,衰老和致癌作用。
bsseq要求的原始数据格式如下: 共6列数据,制表符分隔,每一行代表一个甲基化位点,前5列很好理解,描述甲基化位点的染色体位置和类别,默认情况下bbseq用于分析CpG类型的甲基化位点。当然其他类型的数据,比如CHG,CHH也支持,但是需要调整参数。Cov代表覆盖到这个位点的reads数,M代表其中发生了甲基化的reads数目。
图 BS-seq实验原理。上图中，蓝色的核苷酸是被亚硫酸氢盐转化为尿嘧啶（U）的未甲基化的胞嘧啶（C），红色的核苷酸是对转化具有抗性的5-甲基胞嘧啶（5mC），总的来说，样本用Bisulfite处理，将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U，进行PCR扩增后变成T，与原本具有甲基化修饰的C碱基区分开来，再结合高通量测序...
BS-seq全称是Bisulfite sequencing,其原理很简单,就是原始DNA序列在被亚硫酸盐处理后,未甲基化的C会变成U(随后的DNA复制中变成T),而甲基化的C(包括5mC, 5hmC)则不受改变。这是BS-seq的核心点,之后的序列比对也都是基于此。 3. BS-seq的比对方法 ...
BS-seq技术原理!, 视频播放量 135、弹幕量 0、点赞数 1、投硬币枚数 0、收藏人数 4、转发人数 0, 视频作者 康测科技, 作者简介 ,相关视频:m6A meRIP-seq技术介绍!,ATAC-seq 讲解,绝对定量转录组测序 UMI RNA-seq保姆级介绍,m5C meRIP-seq技术介绍!,m5C bsRNA-seq技
一、BS-seq建库策略 DNA甲基化修饰作为最早被发现的表观遗传修饰,在基因组稳定性、X染色体失活、个体衰老、果实成熟等方面起着重要作用。全基因组重亚硫酸盐测序技术(whole-genome bisulfite sequencing,WGBS)…