小提琴图比较野生型和cmt3a及cmt3b突变体减数分裂细胞(Me)、单细胞小孢子(UM)和精子(S)的整体胞嘧啶甲基化水平。cmt3a和cmt3b相对于野生型的差异化甲基化区域(DMR)数量。维恩图显示cmt3a和cmt3b减数分裂细胞(左)和精子(右)相对于野生型细胞的低CHG DMR重叠情况。箱线图显示野生型、cmt3a(3a)和cmt3b(3b...
为了研究FveFDM1的分子功能，作者使用BS-seq检测了WT和fvefdm1中DNA甲基化水平，发现与WT相比，fvefdm1所有基因体和TE中CG和CHG类型的平均甲基化水平基本保持不变，CHH类型的平均甲基化水平显著减少（图11A）。接着作者在fvefdm1和WT之间鉴定了差异甲基化区域（DMRs），共识别出16831个CG DMR、46264个CHG DMR和7...
为了研究FveFDM1的分子功能,作者使用BS-seq检测了WT和fvefdm1中DNA甲基化水平,发现与WT相比,fvefdm1所有基因体和TE中CG和CHG类型的平均甲基化水平基本保持不变,CHH类型的平均甲基化水平显著减少(图11A)。接着作者在fvefdm1和WT之间鉴定了差异甲基化区域(DMRs),共识别出16831个CG DMR、46264个CHG DMR和74749个...
group1指定属于treatment组的样本,group2指定属于control组的样本。 4. DMR 通过dmrFinder函数进行差异甲基化分析, 代码如下: cutoff指定DMR的阈值,这个阈值根据t-test的结果进行调整。subset对差异甲基化的结果进行筛选,筛选包含甲基化位点个数大于3而且meanDiff大于0.1的甲基化区域。
差异甲基化区域(DMR)的检测是表征不同表观遗传状态的必要先决条件。文章提出了一个新的程序,metilene,以较高的特异性和敏感性识别全基因组和目标数据中的DMR。与二维统计测试相结合的二进制分割算法,可以在几分钟内检测多组样本的DMR。metilene优于其他用于低覆盖率数据的最先进的工具,并且可以估计丢失的数据。因...
文章提出了一个新的程序,metilene,以较高的特异性和敏感性识别全基因组和目标数据中的DMR。与二维统计测试相结合的二进制分割算法,可以在几分钟内检测多组样本的DMR。metilene优于其他用于低覆盖率数据的最先进的工具,并且可以估计丢失的数据。因此,metilene是一种多 ...
其次,进行甲基化差异水平分析,筛选具体差异基因,包括DMC/DMR/DMG鉴定、DMC/DMR在基因组元件上的分布、DMC/DMR的TF结合分析、时序甲基化数据的分析策略、DMG的功能分析等。 再次,将甲基化组学&转录组学关联分析,包括Meta genes整体关联、DMG-DEG对应关联、网络关联等。
toolbox for analysing BS-seq data, advance features in SNV, ASM and DMR - guoweilong/cgmaptools
mode: build_index, pipel, align, calmeth, annoation, batDMR [build_index] Usage: (must run this step first) BatMeth2 build_index genomefile. BatMeth2 build_index rrbs genomefile. [pipel (Contains: align, calmeth, annoation, methyPlot, mkreport)] ...
DMR 1. 读取原始数据 bsseq要求的原始数据格式如下: 共6列数据,制表符分隔,每一行代表一个甲基化位点,前5列很好理解,描述甲基化位点的染色体位置和类别,默认情况下bbseq用于分析CpG类型的甲基化位点。当然其他类型的数据,比如CHG,CHH也支持,但是需要调整参数。Cov代表覆盖到这个位点的reads数,M代表其中发生了甲基化...