unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip# 2.建立bowtie2索引:cd~/software/reference/GRCh38_bowtie2/# 索引存放目录### hg38 index/home/username/software/bowtie2/bowtie2-2.5.3-linux-x86_64/bowtie2-build hg38.fa hg38# bowtie2-build命令在安装bowtie2的目录下找到# 第一个hg38.fa代表输入...
1.解压 hg38_rRNA.fa.gz 2. 建立索引(index)命令:bowtie2-build hg38_rRNA.fa hg38_rRNA 三、利用bowtie2去除rRNA 1.针对单端测序文件(single-end) 命令: bowtie2 -x ~/RNASEQ/index/rRNA_index/hg38_rRNA --un-gz ${i}_IP_rmrRNA.fastq.gz -U ${i}_IP.read1_Clean.fastq.gz -p 8 -S...
wget --timestamping https://genome-idx.s3./bt/GRCh38_noalt_as.zip# 解压到 GRCh38_noalt_asunzip GRCh38_noalt_as.zip# 查看 index 的 6 个文件 小测试 将上面的 hg38.fa chromosome 1 的序列 copy 一段 50 bp 使用 bowtie2 比对 # -x 索引名称(目录/base_name=bowtie2_index/GRCh38_no...
wget hgdownload.cse.ucsc.edu 2、解压索引文件 tar -zxvf chromFa.tar.gz 3、将所有fa格式的文件都合并到mm10.fa后构建索引mm10: cat *.fa > mm10.fa bowtie2-build mm10.fa mm10 4.2 单末端测序 使用单末端测序示例文件reads_1.fq,生成example.sam: bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x mm10 -...
bowtie2-x $index-U$id|samtools sort-@4-o $sample.bam- 运行速度很慢,现在有高效工具啦,比如sambamba主要有filter,merge,slice和duplicate等七个功能来处理sam/bam文件,几乎可以替代 samtools啦,不过,这里要着重介绍的是samblaster samblaster 主要参数: -i --input 输入sam文件(必须包含header且按reads id排序...
将上面的 hg38.fa chromosome 1 的序列 copy 一段 50 bp 使用 bowtie2 比对 # -x 索引名称(目录/base_name=bowtie2_index/GRCh38_noalt_as/GRCh38_noalt_as)# -c 命令行(commande line )输入序列, 多个序列以英文 ,分隔。bowtie2 -x bowtie2_index/GRCh38_noalt_as/GRCh38_noalt_as -c ACA...
# 建索引 bwa index -a bwtsw ~/hg38.fa # 100bp长的双端测序reads的比对用bwa的mem算法 bwa mem -t 5 -R "@RG\tID:$sample\tSM:$sample\tLB:WGS\tPL:Illumina" /public/biosoft/GATK/resources/bundle/hg38/bwa_index/gatk_hg38 7E5241.L1_1.fastq 7E5241.L1_2.fastq | samtools sort -@...
Connecting to hgdownload.cse.ucsc.edu (hgdownload.cse.ucsc.edu)|128.114.119.163|:21... ^C xingkx 17:42:26 ~/ref/mm9 试图通过网页链接下载小鼠mm9参考基因组失败,于是手动下载。 image.png image.png image.png image.png 不要random文件,要下载md5文件 ...
bowtie2 -x ~/software/bowtie2/bowtie2-2.2.3/bowtie2_index/hg38 -U ~/data/example.fq -S ~/data/result.sam -U为单端测序read文件 三、结果解读 1. 比对后结果显示:最后一行是比对率 image.png image.png 双端结果里面分割线分成三部分。
将上面的 hg38.fa chromosome 1 的序列 copy 一段 50 bp 使用 bowtie2 比对 # -x 索引名称(目录/base_name=bowtie2_index/GRCh38_noalt_as/GRCh38_noalt_as) # -c 命令行(commande line )输入序列, 多个序列以英文 ,分隔。 bowtie2 -x bowtie2_index/GRCh38_noalt_as/GRCh38_noalt_as -c ...