unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip# 2.建立bowtie2索引:cd~/software/reference/GRCh38_bowtie2/# 索引存放目录### hg38 index/home/username/software/bowtie2/bowtie2-2.5.3-linux-x86_64/bowtie2-build hg38.fa hg38# bowtie2-build命令在安装bowtie2的目录下找到# 第一个hg38.fa代表输入...
wget --timestamping https://genome-idx.s3./bt/GRCh38_noalt_as.zip# 解压到 GRCh38_noalt_asunzip GRCh38_noalt_as.zip# 查看 index 的 6 个文件 小测试 将上面的 hg38.fa chromosome 1 的序列 copy 一段 50 bp 使用 bowtie2 比对 # -x 索引名称(目录/base_name=bowtie2_index/GRCh38_no...
bowtie2-build hg38.fa hg38 bowtie2-p10-x/data/ref/bowtie2/mm10/mm10-1input_1.fq-2input_2.fq|samtools sort-Obam-@10-o->output.bam $bowtie2 -x bowtie_build_index/mm10 -U ATAC1014_gDNA.fastq.gz -p 20 -S mm10.sam
1、下载索引文件 wget hgdownload.cse.ucsc.edu 2、解压索引文件 tar -zxvf chromFa.tar.gz 3、将所有fa格式的文件都合并到mm10.fa后构建索引mm10: cat *.fa > mm10.fa bowtie2-build mm10.fa mm10 4.2 单末端测序 使用单末端测序示例文件reads_1.fq,生成example.sam: bowtie2 -p 6 -3 5 --lo...
那个时候举例使用的是bowtie2软件比对miRNA的reads到miRBase里面的miRNA序列文件,以及hg38参考基因组,两个策略。后来也看了看很多公司报告,发现大多集中于下游分析,就是拿到了miRNA表达矩阵后的,包括差异分析,靶基因等等。如下所示: 01 tophat使用_tophat是什么意思 ...
2.6 下载FASTA 数据 注意:选择显示两百个,让所有记录都放在一页,以便下载全部的条目 另存为: hg38_rRNA.fasta 二、bowtie2建立rRNA索引 1.解压 hg38_rRNA.fa.gz 2. 建立索引(index)命令:bowtie2-build hg38_rRNA.fa hg38_rRNA 三、利用bowtie2去除rRNA ...
Connecting to hgdownload.cse.ucsc.edu (hgdownload.cse.ucsc.edu)|128.114.119.163|:21... ^C xingkx 17:42:26 ~/ref/mm9 试图通过网页链接下载小鼠mm9参考基因组失败,于是手动下载。 image.png image.png image.png image.png 不要random文件,要下载md5文件 ...
bowtie2 -x ~/software/bowtie2/bowtie2-2.2.3/bowtie2_index/hg38 -U ~/data/example.fq -S ~/data/result.sam -U为单端测序read文件 三、结果解读 1. 比对后结果显示:最后一行是比对率 image.png image.png 双端结果里面分割线分成三部分。
人的基因组,注释文件,Bowtie2 建好的index下载与分析 人的基因组下载 https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/ wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/latest/hg38.fa.gz# 解压gzip -d hg38.fa.gz ...
Bowtie2 index 下载 官网http://bowtie-bio./bowtie2/index.shtml wget --timestamping https://genome-idx.s3./bt/GRCh38_noalt_as.zip# 解压到 GRCh38_noalt_asunzip GRCh38_noalt_as.zip# 查看 index 的 6 个文件 小测试 将上面的 hg38.fa chromosome 1 的序列 copy 一段 50 bp 使用 bowti...