二、index构建 # 1.下载安装## conda安装conda install-y bowtie2## 手动安装cd~/software/bowtie2/#安装目录wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip# 2.建立bowtie2索引:cd~/software/re...
bowtie2 -p 10 -x 02_Geneome_index/Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index -1 **_1.fq.gz -2 **_2.fq.gz -S **.sam 2> **.bowtie2.log 可以使用管道符|进行sort排序 bowtie2 -p 10 -x 02_Geneome_index/Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index -U input.fq | samtools sort -O bam -@ ...
试图通过网页链接下载小鼠mm9参考基因组失败,于是手动下载。 image.png image.png image.png image.png 不要random文件,要下载md5文件 $ cd .. xingkx 17:46:30 ~/ref $ vim md5.txt xingkx 17:49:04 ~/ref $ cat md5.txt #查看md5文件,包含了要检测的文件 79d6d3a0198d6dccaa6c2af23ec9be00 chr...
bowtie2 -x reference_index -U reads.fq.gz -S output.sam -x reference_index 指定参考基因组索引。 -U reads.fq.gz 为单端测序数据的输入文件。如果是成对的测序数据,使用 -1 reads_1.fq.gz -2 reads_2.fq.gz。 -S output.sam 指定输出的 SAM 文件名。 基本参数 -p N:使用 N 个线程。 --...
Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index to keep its memory footprint small: for the human genome, its memory footprint is typically around 3.2 GB. Bowtie 2 supports gapped, local, and paired-end alignment modes. Source: http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/...
bowtie -x index-dir -1 /path/1_1.fq -2 /path/1_2.fq -S out.sam （1）结果:会直接...
对参考序列构建indexbowtie2-build genome.fasta index尝试使用前10000个reads进行比对bowtie2 -u 10000 -p 8 -x index -1reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam使用8个线程进行比对bowtie2 -p 8... 对参考序列构建indexbowtie2-build genome.fasta index尝试使用前10000个reads进行比对bowtie2 -u 10000...
Bowtie1和2的区别:Bowtie 2'scommand-line arguments and genome index format are bothdifferent from Bowtie 1's. 1,bowtie1出现的早,所以对于测序长度在50bp以下的序列效果不错,而bowtie2在长度在50bp以上的更好。 2,Bowtie 2支持有空位的比对Number of gaps and gap lengths are not restricted, excep...
genome_index 指的是用于bowtie2的索引文件(如下图),而不是参考基因组本身,构建过程参考后文。 genome_index 需要指定路径及其共用文件名,比如我的索引文件放在/data/ref/bowtie2/mm10目录下,但是需要输入的参数为/data/ref/bowtie2/mm10/mm10。最后一个mm10指的是共用文件名。
Bowtie2实现高速度以及低内存的目标是通过以FM-index的方式对参考基因组建立索引,这里的FM index是以BWT的方法为基础的,这对参考基因组进行了一次有规律的重排生成索引文件。为了加速比对,它通过多个种子序列比对来缩小比对范围。这是最开始的一步,bowtie2比对上的一些种子序列是不允许有空位或是N的碱基,但是用户个...