二、index构建 # 1.下载安装## conda安装conda install-y bowtie2## 手动安装cd~/software/bowtie2/#安装目录wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip# 2.建立bowtie2索引:cd~/software/re...
bowtie2 -p 10 -x 02_Geneome_index/Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index -1 **_1.fq.gz -2 **_2.fq.gz -S **.sam 2> **.bowtie2.log 可以使用管道符|进行sort排序 bowtie2 -p 10 -x 02_Geneome_index/Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index -U input.fq | samtools sort -O bam -@ ...
试图通过网页链接下载小鼠mm9参考基因组失败,于是手动下载。 image.png image.png image.png image.png 不要random文件,要下载md5文件 $ cd .. xingkx 17:46:30 ~/ref $ vim md5.txt xingkx 17:49:04 ~/ref $ cat md5.txt #查看md5文件,包含了要检测的文件 79d6d3a0198d6dccaa6c2af23ec9be00 chr...
Bowtie2实现⾼速度以及低内存的⽬标是通过以FM-index的⽅式对参考基因组建⽴索引，这⾥的FM index是以BWT的⽅法为基础的，这对参考基因组进⾏了⼀次有规律的重排⽣成索引⽂件。为了加速⽐对，它通过多个种⼦序列⽐对来缩⼩⽐对范围。这是最开始的⼀步，bowtie2⽐对上的⼀些种...
bowtie -x index-dir -1 /path/1_1.fq -2 /path/1_2.fq -S out.sam （1）结果:会直接...
Bowtie2实现高速度以及低内存的目标是通过以FM-index的方式对参考基因组建立索引,这里的FM index是以BWT的方法为基础的,这对参考基因组进行了一次有规律的重排生成索引文件。为了加速比对,它通过多个种子序列比对来缩小比对范围。这是最开始的一步,bowtie2比对上的一些种子序列是不允许有空位或是N的碱基,但是用户个...
必须注意的是,bowtie2 -x这里一定要写好路径,并且是写到前缀,于是可以看到index这个变量就指定到了hg19这里 既然是第二代,那么它的第一代有啥区别? 之前其实一直没有考虑过这个问题,因为大家都用bowtie2,而且各种文章也是用新的版本。就是“喜新厌旧”吗?其实这些在官网都有说过,只不过没有特殊情况,我们一般也...
NAME.rev.1.bt2, and NAME.rev.2.bt2, where NAME is <bt2_base>. --threads 使用的线程数 上述命令使用该fasta文件 /public/Reference/GRCh38.primary_assembly.genome.fa ，在当前位置产生前缀为 GRCh38 的index文件。单端测序比对 -x ：参考基因组index文件的前缀（包括路径） -U ...
Bowtie1和2的区别:Bowtie 2'scommand-line arguments and genome index format are bothdifferent from Bowtie 1's. 1,bowtie1出现的早,所以对于测序长度在50bp以下的序列效果不错,而bowtie2在长度在50bp以上的更好。 2,Bowtie 2支持有空位的比对Number of gaps and gap lengths are not restricted, excep...
genome_index 指的是用于bowtie2的索引文件(如下图),而不是参考基因组本身,构建过程参考后文。 genome_index 需要指定路径及其共用文件名,比如我的索引文件放在/data/ref/bowtie2/mm10目录下,但是需要输入的参数为/data/ref/bowtie2/mm10/mm10。最后一个mm10指的是共用文件名。