1、Bowtie2下载地址 https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/latest/download 2、解压后即可使用 -函数调用方法:通过文件路径找到函数 -例如:/home/duck/Downloads/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64/bowtie2-build mm10.fa index 上行代码中斜体删除线为bowtie2-build函数所在位置(index代表对mm10.f...
genome_index 需要指定路径及其共用文件名,比如我的索引文件放在/data/ref/bowtie2/mm10目录下,但是需要输入的参数为/data/ref/bowtie2/mm10/mm10。最后一个mm10指的是共用文件名。 必需参数 可选参数(常用) 使用(构建索引) 官方索引 wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/data/bowtie2_indexes/mm10.zip ...
其中.1.bt2.2.bt2文件村存储了 forward strand 的 BWT index.rev.1.bt2.rev.2.bt2文件存储了 reverse complement strand 的 BWT index。.3.bt2.4.bt2压缩存储了genome序列信息。 后续比对分析只用到这6个文件。 如果建立长的 index,使用如下命令。 # Building a large indexbowtie2-build --large-index ...
2,632 Commits .github/workflows doc example scripts third_party .gitignore .gitmodules .travis.yml AUTHORS BOWTIE2_VERSION CMakeLists.txt LICENSE MANUAL MANUAL.markdown Makefile NEWS README.md TUTORIAL aligner_bt.cpp aligner_bt.h aligner_cache.cpp ...
genome_index 指的是用于bowtie2的索引文件(如下图),而不是参考基因组本身,构建过程参考后文。 genome_index 需要指定路径及其共用文件名,比如我的索引文件放在/data/ref/bowtie2/mm10目录下,但是需要输入的参数为/data/ref/bowtie2/mm10/mm10。最后一个mm10指的是共用文件名。
二、index构建 # 1.下载安装## conda安装conda install-y bowtie2## 手动安装cd~/software/bowtie2/#安装目录wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip# 2.建立bowtie2索引:cd~/software/re...
bowtie2 -x lambda_virus -U /home/pxy7896/Downloads/bowtie2/example/reads/reads_1.fq -S eg1.sam 参数解释: -x:查看index文件首先在当前目录下找,找不到再去环境变量BOWTIE2_INDEXES下找。 -U:后面跟需要比对的read文件。多个用,分隔。
关键是要Indexing a reference genome, Bowtie网站(http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml) 的右边有Pre-built indexes,根据物种下载相应的文件,这个文件解压后可以直接使用,若下载的是FASTA格式的基因组,需要Building a new index,用bowtie-build. ...
bowtie2 -x index -1 reads_1.fq -2 reads_2.fq -p 32 -S example_pair.sam # 对单端序列比对 bowtie2 -x index -U reads_1.fq -p 32 -S example_single.sam # 使用samtools将sam文件转换为bam文件以供后续分析使用 # 需提前安装和配置samtools ...
http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml http://www.ncrna.net/bowtie-short-sequence-alignment-tool-detailed-solution/ http://www.plob.org/2011/12/13/932.html 常见的短序列比对工具有很多,如fasta、blast、bowtie、shrimp、soap等。每个工具都有其自身的优点,但同时也具备了一些缺点。权衡利弊,...