echo 'PATH=$PATH:/software/bowtie2-2.5.1-linux-x86_64' >> ~/.bashrc 参数: $ bowtie2 -h Bowtie 2 version 2.4.5 by Ben Langmead (langmea@cs.jhu.edu, www.cs.jhu.edu/~langmea) Usage: bowtie2 [options]* -x<bt2-idx>{-1<m1>-2<m2>| -U<r>| --interleaved| -b<bam>} ...
-x <bt2-idx> 由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前目录搜寻,然后在环境变量 BOWTIE2_INDEXES 中制定的文件夹中搜寻。 -1 <m1> 双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件,并用逗号分开;多个文件必须和 -2 <m2> 中制定的文件一一对应。比如:"-1 flyA_1.fq,flyB_1.fq -2 flyA_2.fq...
--un-bz2 <path> 将unpairedreads写入到<path>, bz2压缩. --al <path> 将至少能比对1次以上的unpairedreads写入<path>. --al-gz <path> ... ,gzip压缩. --al-bz2 <path> ... ,bz2压缩. --un-conc <path> 将不能和谐比对的paired-endreads写入<path>. --un-conc-gz <path> ... ,gzip压缩...
--al <path> write unpaired reads that aligned at least once to <path> --un-conc <path> write pairs that didn\'t align concordantly to <path> --al-conc <path> write pairs that aligned concordantly at least once to <path>(Note:for--un, --al, --un-conc, or --al-conc, add'-...
wget --timestamping https://genome-idx.s3./bt/GRCh38_noalt_as.zip# 解压到 GRCh38_noalt_asunzip GRCh38_noalt_as.zip# 查看 index 的 6 个文件 小测试 将上面的 hg38.fa chromosome 1 的序列 copy 一段 50 bp 使用 bowtie2 比对
Bowtie2 是将测序reads与长参考序列比对工具 (适用于将长度大约为50到100或1000字符的reads与相对较长的基因组, 如哺乳动物,进行比对)。 通常是比较基因组学(包括识别变体(variation calling),ChIP-seq,RNA-seq,BS-seq)管道的第一步。 可以处理非常长的读数(即10s或100s的千字节),但它针对近期测序仪产生的读...
Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned \ --un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x{-1-2| -U} -S []用法：bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>]
bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>] 必须参数: -x <bt2-idx> 由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前目录搜寻,然后 在环境变量 BOWTIE2_INDEXES 中制定的文件夹中搜寻。
bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>] 必须参数: -x <bt2-idx> 由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前目录搜寻,然后 在环境变量 BOWTIE2_INDEXES 中制定的文件夹中搜寻。 -1 <m1> 双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件,并用逗号...
bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1<m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>] bowtie2-build用法 bowtie2-build默认情况下将fasta文件换成index的数据库。 bowtie2-build <fasta文件> <要生成的索引文件前缀名> 必须参数: -x<bt2-idx>由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前目...