bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <sam>][option]*:可选参数 -x:接参考序列索引文件的前缀,由bowtie2-bulid构建 -1/-2:双端测序的输入文件,-1接Read1文件,-2接Read2文件 -U:单端测序的输入文件,后接SE测序文件 -S:以sam格式输出到<sam>文件中,不...
-x:比对参考基因组的索引名字。 -U:处理未配对的序列,读取得pairs-info。 2. 比对模式参数 --very-fast:最快速模式的算法,但是会增加一定的误差。 --fast-local:比对速度较快,局部插入与delete的分数加权。 --end-to-end:比对质量较为严格,全长比对,特别适合短序列比对。 --local:局部比对模式,可用于查询...
其中,-x参数用于指定参考基因组文件名;-U参数用于指定未配对的单端序列文件名;-1和-2参数用于指定左/右端配对序列文件名;-S参数用于指定输出比对结果的文件名;-k参数用于指定每个查询序列的最大有效比对数;--no-discordant参数用于禁用discordant pairs功能,即不比对在参考基因组上相邻但方向不同的配对序列;--no-...
Bowtie2是一种广泛使用的序列比对软件,用于将高通量测序数据与参考基因组进行比对。它提供了丰富的参数选项,用于优化比对的速度和准确性。以下是对一些重要的Bowtie2参数的详细介绍: 1. -q/--query <filename>:指定输入序列文件。可以是FASTQ或SAM/BAM格式。 2. -x/--index <basename>:指定参考基因组的索引前...
使用bowtie2和samblaster一步到位的干净比对 bowtie2 以前都是和samtools组合,如下: bowtie2 -x $index -U $id | samtools sort -@ 4 -o $sample.bam - 运行速度很慢,现在有高效工具啦,比如sambamba主要有filter,merge,slice和duplicate等七个功能来处理sam/bam文件,几乎可以替代 samtools啦,不过,这里要着重...
命令组合 bowtie2 -x $index -U $id | samblaster -e -d $sample.disc.sam -s $sample.split.sam | samtools view -Sb - > $sample.clean.bam 当然,也可以使用bwa啦,如下: #自动输出discordant read pairs和split read alignments: bwa mem <idxbase> samp.r1.fq samp.r2.fq | samblaster -e -...
-x 由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀,需要指定路径及其共用文件名 -1 使用trimmomatic质控后与read2配对(paired)的read1。可以为多个文件,并用逗号分开;多个文件必须和 -2<m2>中制定的文件一一对应。 -2 使用trimmomatic质控后与read1配对的read2 ...
bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x mm10 -1 example_1.fastq -2 example_2.fastq -S SRR3208744.bam 这行命令表示使用--local的比对模式,使用 mm10 的索引;这里是双末端测序,所以将待比对文件 example_1.fq example_2.fa 分别输入,以 example.sam 的文件输出 ...
bowtie2 --threads 4 --end-to-end -x reference_genome -1 reads_1.fastq -2 reads_2.fastq -S align.sam 该命令使用了 4 个线程进行全长匹配的比对,将比对结果保存为 SAM 格式的文件 align.sam。 7. 结论 bowtie2 是一种功能强大的序列比对工具,通过灵活的参数设置,可以对各种类型的数据进行高效而...
500 --fr --un unpaired --al aligned \ --un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x{-1-2| -U} -S [] 用法: bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>] 必须参数: -x <bt2-idx> 由 bowtie2-build 所生成的索引文件的前缀...