-U:处理未配对的序列,读取得pairs-info。 2. 比对模式参数 --very-fast:最快速模式的算法,但是会增加一定的误差。 --fast-local:比对速度较快,局部插入与delete的分数加权。 --end-to-end:比对质量较为严格,全长比对,特别适合短序列比对。 --local:局部比对模式,可用于查询基因重复区域。 3. 比对算法优化参...
bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <sam>][option]*:可选参数 -x:接参考序列索引文件的前缀,由bowtie2-bulid构建 -1/-2:双端测序的输入文件,-1接Read1文件,-2接Read2文件 -U:单端测序的输入文件,后接SE测序文件 -S:以sam格式输出到<sam>文件中,不...
bowtie2用法 单端: bowtie2 -U 文件名 -p 进程数1>结果保存位置 双端(两个文件): bowtie2 -1双端文件1 -2双端文件21>结果保存位置 双端(单个文件): bowtie2 --interleave 文件名 -p 进程数1>结果保存位置 常用参数含义:
bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1<m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>] bowtie2-build用法 bowtie2-build默认情况下将fasta文件换成index的数据库。 bowtie2-build <fasta文件> <要生成的索引文件前缀名> 必须参数: -x<bt2-idx>由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前目...
"bowtie2 -p 10 -x genome_index -U input.fq | samtools sort -O bam -@ 10 -o - > output.bam 双末端 bowtie2 -p 10 -x genome_index -1 input_1.fq -2 input_2.fq | samtools sort -O bam -@ 10 -o - > output.bam 需要注意的是: 这条命令把bowtie2 生成的sam文件通过管道|...
用法:bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <sam>] 1 2 3 $bowtie2 -x ./index/GCFreads.fa -S ./bowtie2 #-x的写法:index文件夹下,bt2的文件名是GCF。 #-S的目录必须先建立,不会自动建立。
6. -U/--un <filename>:将无法比对的序列输出到指定文件,可以是FASTQ或SAM/BAM格式。 8. --local:启用本地比对模式,用于对较长的测序片段进行比对。默认情况下,Bowtie2使用全局比对模式。 9. --very-sensitive/--very-fast:选择比对的敏感性和速度之间的平衡。--very-sensitive选项提供了最高的比对准确性...
单端测序比对 -x ：参考基因组index文件的前缀（包括路径） -U ：单端测序的fastq文件 -S ：输出的SAM文件，包含比对结果 -p ：使用的线程数 "2>Align.summary"：将输出到屏幕的标准误(standard error)重导向到"Align.summary"文件，其格式通常如下 双端测序比对 双端比对模式基本与单端...
bowtie2 -x <path_to_index> -U <path_to_reads> -S <path_to_output> 其中: -x <path_to_index>:指定参考基因组的索引文件路径。如果索引文件不存在,你可以使用bowtie2-build命令来创建索引。 -U <path_to_reads>:指定单端测序数据文件路径。 -S <path...
bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>] bowtie2-build用法 bowtie2-build默认情况下将fasta文件换成index的数据库。 $ bowtie2-build <fasta文件> <要生存的索引文件前缀名> 必须参数: -x<bt2-idx>由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先在当前...