默认设置下,一堆reads不能成对比对到参考基因序列上,则单独比对上每个reads进行比对。 输出参数: -t/--time print wall-clock time taken by search phases --un<path>write unpaired reads that didn't align to<path>`将unpaired reads输出到<path>--al<path>write unpaired reads that aligned at least o...
2.将unmapped-reads打断成更小的fragments,比对到参考基因组上,如果比对成功,建立剪切点。 01 bismark对参考基因组建立索引 分析DNA甲基化的手段有很多,除了甲基化芯片外,还有WGBS和RRBS等实验与高通量测序相结合的手段,不管是哪种策略,都需要对DNA进行亚硫酸氢盐处理。
samblaster 主要参数: -i --input 输入sam文件(必须包含header且按reads id排序) -o --output 输出sam文件 -d --discordantFile 输出discordant read pairs -s --splitterFile 输出split reads -u --unmappedFile 输出unmapped/clipped reads 其他参数: -a --acceptDupMarks 不去重 -e --excludeDups 去掉disco...
-i --input 输入sam文件(必须包含header且按reads id排序) -o --output 输出sam文件 -d --discordantFile 输出discordant read pairs -s --splitterFile 输出split reads -u --unmappedFile 输出unmapped/clipped reads 其他参数: -a --acceptDupMarks 不去重 -e --excludeDups 去掉discordant, splitter, and...
-i —input 输入sam文件(必须包含header且按reads id排序) -o —output 输出sam文件 -d —discordantFile 输出discordant read pairs -s —splitterFile 输出split reads -u —unmappedFile 输出unmapped/clipped reads 其他参数: -a —acceptDupMarks 不去重 ...
-i --input 输入sam文件(必须包含header且按reads id排序) -o --output 输出sam文件 -d --discordantFile 输出discordant read pairs -s --splitterFile 输出split reads -u --unmappedFile 输出unmapped/clipped reads 其他参数: -a --acceptDupMarks 不去重 ...
--soft-clipped-unmapped-tlen Consider soft-clipped bases unmapped when calculating TLEN. Only available in --local mode. --sam-no-qname-trunc Suppress standard behavior of truncating readname at first whitespace at the expense of generating non-standard SAM --xeq Use '='/'X', instead ...
--al-conc-gz<path>能map到GENOME的reads,fasta格式, gzip压缩. -p/--threads NTHREADS 设置线程数. Default: 1 作者:husy_ 链接:https://www.jianshu.com/p/f84ffba2ec1e 来源:简书 #官网示例 bowtie2 -x lambda_virus -U BT2_HOME/example/reads/reads_1.fq -S eg1.sam ...
主要参数: -i --input 输入sam文件(必须包含header且按reads id排序) -o --output 输出sam文件 -d --discordantFile 输出discordant read pairs -s --splitterFile 输出split reads -u --unmappedFile 输出unmapped/clipped reads 其他参数: -a --acceptDupMarks 不去重 -e --excludeDups 去掉discordant, spl...
--soft-clipped-unmapped-tlen Exclude soft-clipped bases when reporting TLEN --sam-append-comment Append FASTA/FASTQ comment to SAM record Performance: -p/--threads <int> number of alignment threads to launch (1) --reorder force SAM output order to match order of input reads --mm use ...