Word size(单词长度):默认为3,对BLASTP而言,大的单词长度会得到更精确的搜索结果。 Max matches in a query range(查询区域内的最大匹配数):有时在感兴趣区域内的匹配会被其他区域出现的频繁匹配所掩盖,这个选项允许抛弃数据库中的冗余匹配。 2.2 scoring parameters(得分参数) Matrix(矩阵):对于BLASTP,共有8个...
query是blastp中的一个重要参数,用于指定要比对的蛋白质序列。用户可以将蛋白质序列直接输入到query参数中,也可以将包含蛋白质序列的文件路径作为query参数的值。 二、参数2:db db参数用于指定已知蛋白质序列数据库的路径,blastp将在该数据库中搜索与query序列相似的序列。用户需要提前下载或构建好蛋白质数据库,并将...
blastp -query query.fasta -db database -out result.txt 其中,query.fasta是含有查询序列的文件名,database是目标数据库的名称。-out参数指定了结果输出的文件名。 在blastp运行过程中,会根据预设的参数进行局部比对、打分和评估。使用者可以根据需要设置一些参数以优化比对结果。 - evalue是一个重要的参数,它代...
blastp -db merge.fa -query test.fa -out test.merge.0 -task blastp-short -outfmt 0 -evalue 5283 -word_size 2 -matrix PAM30 又对chicken.fa进行了搜索,使用了下面的命令: blastp -db chicken.fa -query test.fa -out test.chicken.0 -task blastp-short -outfmt 0 -evalue 44 -word_size ...
/bin/bash #PKUBATCH -J At #PKUBATCH -p cn-short #PKUBATCH -N 1 #PKUBATCH --ntasks-per-node=8 #PKUBATCH -o new_%j.out #PKUBATCH -e new_%j.err #PKUBATCH --no-requeue #SBATCH -A leili_g1 #SBATCH --qos=leilicns cd /home/leili_pkuhpc/lustre1/zwg/test2 blastp -query At...
blastn-query b.fasta-db a_db-evalue1e-10-outfmt6-max_target_seqs6-outresult #-evalue为阈值,-outfmt为输出格式,-max_target_seqs为最大匹配基因对个数 blastp makeblastdb-ina.fasta-dbtype prot-outa_db #建参考蛋白序列索引 blastp-query b.fasta-db a_db-evalue1e-10-outfmt6-outresult-max_...
分，分值越高，两个序列相似性越高EValue值越小，越可信，相对的一个统计值。Length输入序列的长度Identities一致性，就是两个序列有多少是一样的Query代表输入序列Sbjct代表数据库中的序列 比对结果 点击BLAST，开始工作 此次比对的标题，优先为输入值，若没有填写则可能为输入fasta序列头，若无...
\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\fastas\my_example2.faa"database = r"C:\Users\Uzytkownik\Desktop\tests\my_examplemultif.faa"blastp_cline = NcbiblastpCommandline(cmd=blastp_path, query=q, db=database, evalue=0.001, outfmt=5, out=result)如果你现在这样做,print(blastp_cline)它应该打印...
blastp -query unknown.pep.fa -db /share/work/database/blastdb/swissprot/uniprot_sprot.fasta -num_threads 10 -evalue 0.000001 -seg yes -soft_masking true -lcase_masking -max_hsps 1... blastp -query unknown.pep.fa -db /share/work/database/blastdb/swissprot/uniprot_sprot.fasta -num_...
blastp -query input.fasta -db database_name -out output.txt 复制代码 其中,input.fasta是您准备的输入文件的路径和名称,database_name是您希望比对的数据库的名称或路径,output.txt是输出结果的路径和名称。 等待结果:运行blastp命令后,程序会开始比对过程,并生成一个输出文件。您需要等待一段时间,具体取决于...