per.ident:是序列比对的一致度。accession是这条相似序列在数据库的编号(登录号),直接着NCBI上用这个编号搜索就能找到这条序列的注释信息。 系统在序列比对后,一般默认以E值的大小排列,数值越小越靠前,可信度越高。所以,我们可以认为要找的这条序列就是第一条相似序列。
E value: E Value 值越小,越可信,相对的一个统计值。 Per. ident:一致性,就是两个序列有多少是一样的 Acc. Len :序列长度 Accession:序列登陆号 其他 1.1hypothetical protein假设蛋白 其存在已经被预测,但是缺乏体内表达的实验证据的蛋白质。这些蛋白质序列大多数是从基因组DNA测序的计算分析推断而来的,并在基...
在进行序列比对前，需输入待比对序列或序列号。操作后，系统将呈现比对结果，包括但不限于序列信息、关键指标分析。关键指标如：scientific name: 展示相似序列所属物种。E值：反映序列比对可信度，值越小，可信度越高。query cover: 表示待比对序列与相似序列匹配程度，覆盖度越高，相似度越高。per.ide...
“7 qacc sacc evalue length pident” :这个是新BLAST+中最拉风的功能了,直接控制输出格式,不用再用parser啦, 7表示带注释行的tab格式的输出,可以自定义要输出哪些内容,用空格分格跟在7的后面,并把所有的输出控制用双引号括起来,其中qacc查询序列的acc,sacc表示目标序列的acc,evalue即是e值,length即是匹配的...
qcovus means Query Coverage Per Unique Subject (blastn only) When not provided, the default value is: 'qaccver saccver pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore', which is equivalent to the keyword 'std' Default = `0' 默认是0,也就是会输出比对的结果。 但...
-outfmt ‘6 qseqid qlen sseqid slen ength pident mismatch qcovs qstart qend sstart send evalue ’这样最终输出结果的的每一列信息会按照上述信息输出,具体每个单词的意思如下: qseqid means Query Seq-id qgi means Query GI qacc means Query accesion ...
qseqid sseqid pidentlengthmismatch gapopen qstart qend sstartsendevalue bitscore AI代码助手复制代码 但我们有时想要的并不止上述12列信息,比如我还想知道比对结果的覆盖度信息(qcovs:Query Coverage Per Subject) 其实只要在blast比对命令中先事先加上需要增加的列ID即可,如在outfmt 6基础上加上覆盖度信息...
Max Score（最高分）和Total Score（总分）：表示检索结果中命中序列的最高分和总分。分数越高，表示命中序列与查询序列（也称做Query）的亲缘关系就越近，当最高分和总分不同时，表示命中序列有多个不同的片段与查询序列相匹配。最高分表示命中序列中得分最高的片段。总分表示所有片段得分的总和。Query ...
-qcov_hsp_perc <Real, 0..100> Percent query coverage per hsp。HSP是high scoring pair Blastp【蛋白】比对【蛋白库】 blast格式化数据库 makeblastdb-in/path/to/pro.fas \-input_type fasta-dbtype prot-title blastn_pro \-out/path/to/blastn_pro-parse_seqids ...
qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore 但我们有时想要的并不止上述12列信息,比如我还想知道比对结果的覆盖度信息(qcovs:Query Coverage Per Subject) 其实只要在blast比对命令中先事先加上需要增加的列ID即可,如在outfmt 6基础上加上覆盖度信息: ...