在平时使用时,设置常用的基本参数,基本就可以得到比对结果。 blast中有些参数是控制输出时展示比对结果数量的命令,这些是十分重要的,比如只匹配最佳比对序列,或者展示得分最高的几个序列,这些在本地化的blast中该如何设置? 1)-num_alignments 2)-max_target_seqs 3)-num_descriptions 4)-max_hsps 这个4个命令有...
-num_alignments:显示对齐数据库序列的数目 -num_threads:线程数 更多参数说明 blastp –help 3. 核酸序列比对核酸数据库(blastn)以及核酸序列比对蛋白数据库(blastx) blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 12 blastx -query seq.fasta -out seq.blas...
•num_alignments:该参数用于设置要返回的比对结果的数量。较大的值可以获取更全面的结果,但也会增加计算时间和资源消耗。 2.3、输出参数 •outfmt:该参数用于设置输出结果的格式。blast 提供了多种格式选项,例如纯文本格式、HTML 格式和 XML 格式等。 •out:该参数用于指定结果输出文件的名称和路径。 三、blast...
4. 参数调优:Blast命令可以使用多种参数来调优比对过程。例如,可以通过设置`-word_size`参数来控制比对中所使用的最小匹配长度,通过设置`-num_alignments`参数来限制输出的比对结果数量,通过设置`-gapopen`和`-gapextend`参数来调整比对中出现间隙的惩罚分值等。 5. 结果解析:Blast的输出结果是一系列比对的描述信息...
9.-num_alignments:限制显示的匹配序列的数量。 10.-seg:指定用于局部序列比对的可变参数。 这些参数可以根据需要进行组合,以适应不同的搜索需求和场景。通过调整这些参数,用户可以获得更加准确和全面的序列比对结果。总结来说,BLAST+参数是指用于配置BLAST+工具的各种选项和参数,它们可以影响搜索的敏感度、搜索范围和结...
-num_alignments:显示此数量的数据库序列的比对结果,默认250 -max_target_seqs:显示此数量对齐(query)序列的比对结果,默认500,与num_descriptions 或 num_alignments 不兼容,作用于outformt>4 五、使用注意 《Misunderstood parameter of NCBI BLAST impacts the correctness of bioinformatics workflows》这篇文章所说-...
•-num_alignments:设置返回的最大比对结果数目。 •-max_hsps:设置每个比对结果返回的最大高分片段数目。 3. 如何选择合适的blast参数? 选择合适的blast参数是进行BLAST比对的关键步骤,以下是一些选择参数的建议: 3.1 根据比对任务类型选择参数 不同的比对任务类型需要使用不同的参数。例如,对于核酸序列的比对任务...
[-num_alignments int_value] [-html] [-max_target_seqs num_sequences] [-num_threads int_value] [-remote] [-version] DESCRIPTION Nucleotide-Nucleotide BLAST 2.2.23+ OPTIONAL ARGUMENTS -h Print USAGE and DESCRIPTION; ignore other arguments ...
-num_alignments:输出数据库中能与Query比对上的的序列数目,与max_target_seqs不能同时使用。 -max_target_seqs:最多允许比对到数据库中的序列数目,参数仅适用于outfmt >4。 -perc_identity:比对的最低相似度 -max_hsps:由于不对时一条序列比对成多段,如果只想输出其中的几段,就设定相应的数目,与-num_alignme...