→ 全选序列 → 点击“alignments”(1)表示两个转录本分别从第713和227个碱基开始才比对上 (2)Identities:有6个碱基不同(可能是SNP不一定是突变) 具体位置比对结果中没有画“|”的就是不同碱基 (3)Gaps:有一个碱基缺失比对测序结果 在Blast界面 点击“Align two or more sequences” → 分别在上下框输入①...
Graphic Summary部分是比对的图形化展示部分;Alignments是具体的比对信息。其中Gaps是指多出或少的碱基或缺失的碱基数;缺失或插入(Gaps):插入或缺失。用"—"来表示。Strand=plus/plus指两条序列方向相同,如果是plus/minus,即意味着一条是5'到3',一条是3'到5',或一条是正向,另一条是反向序列。
Alignments:比对结果。 Query Number:查询序列的个数。 Job ID:是在进行BLAST比对的过程中程序自动生成的流水号,用来唯一标识一次比对过程。利用Job ID可以快速找回你曾经进行过的比对结果。 Query ID:查询序列的ID。 Subject ID:与查询序列比对的序列的ID。 Length:比对序列的长度。 Identities:一致性。指两个(核苷酸...
本地blast是序列比对操作中经常用到的程序,但由于其原程序需要在命令行进行,这给需要进行序列比对但不熟悉命令行的同学带来了一定麻烦。为解决这个问题,SPDE中实现了本地blast的界面化操作。具体过程如下所示: SPDE各个功能按钮分布 在进行blast之前,同学们需要明确两个概念。第一个是库,它指的是比对到的对象,例如...
-dots=N 每N个序列就输出一个点,用于展示程序运行的进度 -trimT 剪切首部的poly-T -noTrimA 不剪切尾部的poly-A -trimHardA 从psl输出文件中的qSize和alignments中移除poly-A尾巴 -fastMap 快速的DNA/DNA remapping,要求查询序列长度不超过5000、高相似度和不进行内含子的比对 -out=type 输出文件格式,格式如...
LINKVIEW2 是一个对 DNA 比对(alignments)进行可视化的工具,包含一个命令行工具和一个图形化界面。有助于生物信息学研究人员快速地将比对结果进行可视化。支持多种比对格式,包括 blast、minimap2、MUMmer 软件的输出结果,以及 LINKVIEW2 专属格式。支持多种绘图风格,自定义比对块颜色、highlight 某段区间、自定义比例尺...
for alignment in blast_record.alignments:for hsp in alignment.hsps:print('Alignment')print('sequence:', alignment.title)print('length:', alignment.length)print('e value:', hsp.expect)print(hsp.query[0:75] + '...')print(hsp.match[0:75] + '...')print(hsp.sbjct[0:75] + '...')...
即匹配上的序列长度占中序列长度的百分数。例如点击排在最前面的序列结果进入Alignments界面,如下图。可见序列总长度为19,被匹配的有19,匹配度100%。 Gaps 即插入的或者缺失的碱基数量。一旦插入或缺失的碱基数量太多,那么必然这个引物就是不合格的。上面提到,我们的引物序列匹配度100%,自然而然,Gaps值就是0了。
-trimHardA 从psl输出文件中的qSize和alignments中移除poly-A尾巴 -fastMap 快速的DNA/DNA remapping,要求查询序列长度不超过5000、高相似度和不进行内含子的比对 -out=type 输出文件格式,格式如下: psl - Default. Tab separated format, no sequence
fromBio.BlastimportNCBIXML# 读取BLAST结果withopen('blast_result.xml','r')asresult_handle:blast_records=NCBIXML.parse(result_handle)forblast_recordinblast_records:print(f"Query:{blast_record.query}")foralignmentinblast_record.alignments:forhspinalignment.hsps:print(f"Score:{hsp.score}, E-value:...