-max_hsps:由于不对时一条序列比对成多段,如果只想输出其中的几段,就设定相应的数目,与-num_alignments不能同时使用; -outfmt:输出文件格式,总共有15种格式,一般设置为6。6是tabular格式对应BLAST的m8格式; 0 = pairwise, 1 = query-anchored showing identities, 2 = query-anchored no identities, 3 = fl...
上面是blastn中的基本参数还有一些可选参数。 在平时使用时,设置常用的基本参数,基本就可以得到比对结果。 blast中有些参数是控制输出时展示比对结果数量的命令,这些是十分重要的,比如只匹配最佳比对序列,或者展示得分最高的几个序列,这些在本地化的blast中该如何设置? 1)-num_alignments 2)-max_target_seqs 3)-...
•num_alignments:该参数用于设置要返回的比对结果的数量。较大的值可以获取更全面的结果,但也会增加计算时间和资源消耗。 2.3、输出参数 •outfmt:该参数用于设置输出结果的格式。blast 提供了多种格式选项,例如纯文本格式、HTML 格式和 XML 格式等。 •out:该参数用于指定结果输出文件的名称和路径。 三、blast...
-num_threads:设置线程数,默认为1 -max_hsps:根据evalue,为每query-subject对保留最大 HSP(对齐)数,其保证输出中每个query-subject对是唯一 -num_descriptions:显示此数量的数据库序列的单行描述结果,默认500 -num_alignments:显示此数量的数据库序列的比对结果,默认250 -max_target_seqs:显示此数量对齐(query)序列...
4. 参数调优:Blast命令可以使用多种参数来调优比对过程。例如,可以通过设置`-word_size`参数来控制比对中所使用的最小匹配长度,通过设置`-num_alignments`参数来限制输出的比对结果数量,通过设置`-gapopen`和`-gapextend`参数来调整比对中出现间隙的惩罚分值等。
-num_alignments 显示比对数Default = 250 -num_descriptions:单行描述的最大数目 default=500 -num_threads:线程数 更多参数 blastp -help 3. diamond diamond主要4个程序: makedb blastp blastx view 过程也是建库和 比对两步。 -(1)建库 diamond makedb --in nr.fa -d nr参数说明:...
9.-num_alignments:限制显示的匹配序列的数量。 10.-seg:指定用于局部序列比对的可变参数。 这些参数可以根据需要进行组合,以适应不同的搜索需求和场景。通过调整这些参数,用户可以获得更加准确和全面的序列比对结果。总结来说,BLAST+参数是指用于配置BLAST+工具的各种选项和参数,它们可以影响搜索的敏感度、搜索范围和结...
-num_alignments:输出数据库中能与Query比对上的的序列数目,与max_target_seqs不能同时使用。 -max_target_seqs:最多允许比对到数据库中的序列数目,参数仅适用于outfmt >4。 -perc_identity:比对的最低相似度 -max_hsps:由于不对时一条序列比对成多段,如果只想输出其中的几段,就设定相应的数目,与-num_alignme...
•-num_alignments:设置返回的最大比对结果数目。 •-max_hsps:设置每个比对结果返回的最大高分片段数目。 3. 如何选择合适的blast参数? 选择合适的blast参数是进行BLAST比对的关键步骤,以下是一些选择参数的建议: 3.1 根据比对任务类型选择参数 不同的比对任务类型需要使用不同的参数。例如,对于核酸序列的比对任务...
blastp -query seq.fasta -db dbname -out seq.blast -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_alignments 10 -num_descriptions 10 -num_threads 2 blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 2 ...