4. 指定参数:除了输入文件和数据库外,还可以指定一些参数来调整BLASTN的比对行为。例如,可以使用-evalue参数设置期望值阈值,使用-outfmt参数指定输出格式,使用-word_size参数修改匹配字长等。 5. 分析BLASTN结果:运行blastn命令后,会生成一个结果文件。该文件包含了比对结果的详细信息,如匹配的序列、相似性得分等。可...
blastn-short -task:设置比对模式,通常情况会有一个默认task,这里要设置为blastn-short -word_size:尽可能小,这里设为7 -evalue:类似于p值的一个指标,越小说明越可靠 Tasks REF http://barcwiki.wi.mit.edu/wiki/blastTips https://web.cas.org/help/BLAST/topics/shrt_seq.htm https://www.jianshu.co...
可以通过设置-word_size参数来选择算法,其中默认算法是基于Seed的算法。 2. 比对模式选择 blastn有两种比对模式:默认模式和感性比对模式。默认模式用于高度相似的序列比对,例如用于基因注释和序列同源性检查。感性比对模式适用于低相似度的序列比对,例如用于物种分类和基因家族分析。可以通过设置-dust参数来选择模式。 3....
-max_target_seqs:设置最多的目标序列匹配数(以前我都用-b 5 -v 5,理解不对请指教) -num_threads:指定多少个cpu运行任务(依赖于你的系统,同于以前的-a参数) -outfmt format "7 qacc sacc evalue length pident" :这个是新BLAST+中最拉风的功能了,直接控制输出格式,不用再用parser啦, 7表示带注释行的t...
-word_size -dust -gapopen -gapextend -penalty -reward 3. 进行blastn之前先执行makeblastdb,参数说明如下: -in 后接输入文件,你要格式化的fasta序列 -dbtype 后接序列类型,nucl为核酸,prot为蛋白 -title 给数据库起个名,好看~~(不能用在后面搜索时-db的参数) ...
除了基本的参数设置外,blastn函数还支持多种高级参数进行进一步的细化和筛选。以下是一些常用的高级参数: 1. -evalue:设置预期值(期望得分)。预期值越小,说明结果的可靠性越高,默认值为10。 2. -word_size:设置比对过程中使用的核酸片段大小。较大的片段可以增加比对的敏感性,但也会增加计算时间,默认值为11。
ncbi的BLAST比我想象中的要强大,用普通blastn貌似不能将basepire数小于50的序列比对到基因组。像我,想将一些15bp的序列比对到基因组上做统计。其实BLAST+中有一些针对小于30bp序列比对(blast-short)的设定参数。 选项类型默认值功能 word_size integer 7 Length of initial exact match. gapopen integer 5 Cost ...
The default word size of 11 is too risky; use 9, which corresponds to a little more stringency than three identical amino acids because theres no allowance for degenerate codons. The choice of gap costs depends on the size of the expected gap. For simulating sequencing errors, the gap costs...
~/Biotools/blast+/ncbi-blast-2.11.0+/bin/makeblastdb-inmiRNA.fasta-dbtype nucl-title make_miRNA-parse_seqids-out miRNA-logfile make_miRNA.log~/Biotools/blast+/ncbi-blast-2.11.0+/bin/blastn-db miRNA-query../lncRNA_transcripts.fasta-out miRNA-lncRNA.txt-evalue0.001-outfmt6-word_size7 ...
ncbi的BLAST比我想象中的要强大,用普通blastn貌似不能将basepire数小于50的序列比对到基因组。像我,想将一些15bp的序列比对到基因组上做统计。其实BLAST+中有一些针对小于30bp序列比对(blast-short)的设定参数。 选项类型默认值功能 word_size integer 7 Length of initial exact match. gapopen integer 5 Cost ...