conda install blastplus 注意:由于BLAST版本和相关的conda包会随时间变化,请根据你搜索到的具体包名进行调整。 验证BLAST是否成功安装: 安装完成后,你可以通过在命令行中输入BLAST程序的名称(如blastn、blastp等)并加上--version参数来验证其是否成功安装并可在你的系统路径中找到。例如: bash blastn --version...
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast # blast安装perl模块的方法 conda install perl-digest-md5 BLAST的主要理念 Search may take place in nucleotide and/or protein space or translated spaces ...
2. conda安装: 先conda search blast 查看包含哪些版本,最后选择所需要的版本进行安装,如: conda search blast conda install blast2.2.31 3. 参考文章 六、BLAST+的运行 1. 建库 makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -out dbname 主要参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl ...
1.1 利用conda安装,关于conda请看之前的简文 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 #启动环境 $ source~/miniconda3/bin/activate $ conda install blast 比较简单 1.2 直接下载安装 首先在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载最新版本的BLAST程序。 代码语言:javascrip...
因为要使用本地blast 我从conda安装，命令如下：conda install -c bioconda blast 安装过程如下：Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.8.4 latest version:...
简介:Basic local alignment search tool (BLAST)包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast#blast安装perl模块的方法conda isnt...
步骤二：安装 BLAST 工具。若尚未安装，可从 NCBI 官网下载安装，或使用conda 虚拟环境的命令进行安装：conda install -c bioconda blast。步骤三：创建本地 BLAST 数据库。使用 makeblastdb 命令将下载的 UniProt 序列文件转换为本地 BLAST 数据库。将两个 FASTA 文件合并到一个库中，以满足实际需求。
conda install blast 二、blast类型 三、blast的用法 1. 本地BLAST的基本步骤 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 1.用makeblastdb为BLAST提供数据库2.选择blast工具,blastn,blastp3.运行工具,有必要的还可以对输出结果进行修饰 2. 建立检索所需数据库 ...
面对 UniProt 网页BLAST的限制，构建本地库进行批量BLAST成为更有效的解决方案。首先，从UniProt官网下载TrEMBL和Swiss-Prot的FASTA格式数据库，选择国内镜像以提升下载速度。推荐使用工具aria2c进行下载，注意解压缩。对于BLAST的安装，可以从NCBI官网获取并安装，或在生物conda环境中使用conda install命令。接着...
# 创建环境 conda create -n blast # 激活环境 conda activate blast # 搜索可用的BLAST版本 conda search blast # 安装BLAST conda install blast # 查看安装 blastn -h (2) 建立核酸数据库 访问NCBI BLAST数据库官网(ftp.ncbi.nlm.nih.gov/bl),病毒数据库文件在2024年7月16日更新至nt_viruses.20.tar.gz...