2. conda安装: 先conda search blast 查看包含哪些版本,最后选择所需要的版本进行安装,如: conda search blast conda install blast2.2.31 3. 参考文章 六、BLAST+的运行 1. 建库 makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -out dbname 主要参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl ...
conda安装blast 文心快码BaiduComate 要使用conda安装BLAST(Basic Local Alignment Search Tool),首先需要明确的是,BLAST本身并不是一个标准的conda包,因为它是由NCBI(National Center for Biotechnology Information)开发的一个复杂的应用程序,主要用于生物学数据的比对分析。然而,你可以通过conda的Bioconda或conda-forge频道...
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast # blast安装perl模块的方法 conda install perl-digest-md5 BLAST的主要理念 Search may take place in nucleotide and/or protein space or translated spaces ...
使用conda安装即可,包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等。 conda install -c bioconda blast # blast安装perl模块的方法 conda install perl-digest-md5 2. 构建数据库 在比对前,需要先用参考序列文件创建数据库: makeblastdb -in genome.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out ./index 注释: ...
BLAST包括blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可,亦可使用源码(https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+)。 想安装某个特定版本可以使用 conda install -c bioconda blast==版本号 # blast安装perl模块的方法 ...
1.1 利用conda安装,关于conda请看之前的简文 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 #启动环境 $ source~/miniconda3/bin/activate $ conda install blast 比较简单 1.2 直接下载安装 首先在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载最新版本的BLAST程序。
因为要使用本地blast 我从conda安装，命令如下：conda install -c bioconda blast 安装过程如下：Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.8.4 latest version:...
简介:Basic local alignment search tool (BLAST)包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast#blast安装perl模块的方法conda isnt...
conda install blast (前提是你的linux服务器上安装了conda。关于conda的介绍,请看前贴 《善用Bioconda,管理好自己的Linux工具库》) 第二步:Blast测试 安装后,我们需要确认blast是否真的已经正确安装了。下面的演示我是用自己的windows电脑截图。Linux服务器基本操作一致,就不再单独截图了哈。
(1)直接conda安装就行:conda install blast2.2.31 建议先去bioconda官网看一下软件名字和版本 (2)建库比对 makeblastdb -in /share/home/ncbi/genomic.fa -dbtype nucl -parse_seqids -out nucl_blastdb -logfile nucl_blastdb_log #核酸库makeblastdb -in /share/home/ncbi/pep.fa -dbtype prot -parse...