登录NCBI主页，点击blast，选择nucleotide blast。在弹出的网页中，在Enter Query Sequence栏输入您测序的序列。在Choose Search Set选项中，选择others。无需调整其他设置，直接点击最后的blast按钮。等待比对结果弹出，通常很快。比对结果可以直接查看，无需解释。具体操作如下：首先，访问NCBI的官方网站，找到bl...
问题如下： 1.在进行比对的时候，应该选择standard databases还是rRNA/ITS databases里的16S rRNA seque…...
问题如下： 1.在进行比对的时候，应该选择standard databases还是rRNA/ITS databases里的16S rRNA seque…...
登陆 NCBI homepage，点击 blast，然后点击nucleotide blast，在弹出的网页上Enter Query Sequence中粘贴你测序的序列。在Choose Search Set一项中，选others。其他不用管，直接点最后面的blast。然后就等比对结果，稍后就会弹出。结果你能看懂的，不解释了。你可以打开NCBI序列的详细信息，里面有标示是否unpubl...
rRNA/ITS数据库包含16s核糖体RNA序列(细菌和古细菌),以及18s,28s核糖体和内转录间隔区的真菌。 BLAST图标下可以自定义算法的参数,如下图所示:可以设置BLAST搜索的数据库返回的最大序列条数。选择”Short queries”让BLAST自动优化调整30碱基对/残基对短序列。”...
rRNA/ITS数据库包含16s核糖体RNA序列(细菌和古细菌),以及18s,28s核糖体和内转录间隔区的真菌。 BLAST图标下可以自定义算法的参数,如下图所示:可以设置BLAST搜索的数据库返回的最大序列条数。选择”Short queries”让BLAST自动优化调整30碱基对/残基对短序列。”Expect threshold”设定期望阈值筛选Expect Values(E值)。
我得到细菌的16SrRNA,使用blast进行菌种鉴定,但是发现使用Max score,Total score,Query cover,E value,Max ident 排序,第一排的细菌会得到不同的结果,且差距很大。那最后选择哪一个结果呢?哪一个结果比较可信呢? 谢谢! 返回小木虫查看更多分享至: 更多 今日...
本人是一只本科小虫，最近做毕设，利用16s鉴定17株细菌，是用了克隆那一套后，再拿阳性转化菌去测得序...
$./update_blastdb.pl--showall[*]28S_fungal_sequences 16S_ribosomal_RNA ITS_RefSeq_Fungi 18S_fungal_sequences Betacoronavirus ITS_eukaryote_sequences LSU_eukaryote_rRNA LSU_prokaryote_rRNA SSU_eukaryote_rRNA env_nt env_nr human_genome landmark mito mouse_genome nr nt_euk nt nt_others nt_pro...
NCBI blast多序列比对共线性分析比较基因组生信16s菌株鉴定服务¥8.13 ¥10.16 详情月销:0湖北 武汉关注 NCBI blast多序列比对共线性分析比较基因组生信16s菌株鉴定服务¥40.59 ¥50.74 详情月销:0上海关注 券 5 元 领券 NCBI blast多序列比对共线性分析比较基因组生信16s菌株鉴定服务¥5.16 ¥10.16 详情...