第3 种:outfmt 2 与第二种一致,只是序列展示有区别,所有比对的序列都保留碱基序列格式。 第4-5 种:outfmt 3/4 两种输出格式与第二、三种格式完全一致。 第6 种:outfmt 5 这种格式为xml格式的文件,很多种编程语言都可以直接解析。每一个输入序列及比对结果都会以嵌套格式进行整理。 第7 种:outfmt 6 这种格式会输出比较多的
blast的格式解读 因为blast可以进行本地化,网上教程很多,这里不再详细介绍。根据不同的参数可以输出多种比对格式,例如HTML, plain text, XML 等。因为输出的格式多样,我们以常用的M8格式进行简单的介绍。 这12列对应的信息分别是 Query id:查询序列ID标识 ...
7. 进化分析：BLAST可用于构建演化树，通过比对序列的相似性来推断物种之间的进化关系。8. 个性化输出格式：BLAST提供了多种输出格式选项，用户可以根据需求自定义输出结果，如对齐序列、统计数据等。9. 本地和远程数据库搜索：BLAST支持使用本地数据库或远程数据库进行比对，增加了使用的灵活性。10. 网页BLAST工具：...
第1种：outfmt 0 这是软件默认输出格式，类似于网页展示的比对结果，包含比对统计和序列信息，示例内容如下。第2种：outfmt 1 只保留序列比对信息，用.表示库中一致的碱基，不一致显示具体碱基，易于阅读。第3种：outfmt 2 与第2种类似，但所有比对序列均保留碱基序列格式。第4-5种：outfmt 3/4 与...
blast 结果说明 blastall运行命令如下,m8和m9格式差不多,一个不带表头,一个带表头,使用方法如下: blastall -i Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa -d HSP20_NCBI_pep.fasta -p blastp -e 1e-10 -b 1 -v 1 -m 8 -o ncbi_hsp20.out 输出结果表格如下: Query id Subject id % identity ...
分别对应:工具 -query 比对序列文件(fasta格式) -db 数据库名 -out 比对结果文件名 -evalue 期望值(默认为10,一般设置le-5) -outfmt 比对结果参数 (三)比对结果的输出参数:0-18,常用0,5,6,7 0:成对输出,与在线比对结果相同 5:输出XML格式 6:输出table格式 7:输出带有注释行的table格式,有以下参数可通...
7.1 blast 输出格式 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 0 = Pairwise, 1 = Query-anchored showing identities, 2 = Query-anchored no identities, 3 = Flat query-anchored showing identities, 4 = Flat query-anchored no identities, 5 = BLAST XML, 6 = Tabular, 7 = Tabular with...
-T: 产生HTML格式的输出[T/F],default = F -n: 使用MegaBlast搜索[T/F],default = F -r : 一个核酸碱基的正确匹配(match)的奖分(只对blastn有效),default = 1 -M: 所使用的打分矩阵,default = BLOSUM62 -m 比对结果格式选项: 0= pairwise,显示具体匹配信息(缺省)1= query-anchored showing identi...
blastn(2.6.0+)的输出格式有19种,通过outfmt来指定: $ ./blastn -help -outfmt <String> alignment view options: 0 = Pairwise, 1 = Query-anchored showing identities, 2 = Query-anchored no identities, 3 = Flat query-anchored showing identities, ...