下载目标物种的fasta文件:通过Taxonomy ID 像病毒这种基因组序列比较小的物种,用于本地比对是比较方便的。但是blast db数据库中没有专门针对某个物种的构建好的数据库,因此我们可以在 NCBI 上先下载包含某个病毒所有核酸序列的fasta文件,然后将其转换为blast专用的数据库。 比如我们要下载甲型流感病毒的所有核酸序列,如...
2.本地BLAST的使用 3.网络版BLAST的使用 一、BLAST简介 1.什么是BLAST BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写,是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序,是目前最常用的数据库搜索程序。 BLAST实际是综合在一起的一组工具的统称,它不仅...
通常我们可以对位置序列或者reads进行物种鉴定得到物种或者是序列具体信息。那么如何将数据进行本地化搭建以及按照物种分类进行拆分(可以实现物种鉴定更准确更快速更高效) 2.下载数据 # 1. 参照上面nr拆分建库方法 wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/prot.accession2taxid.gz wget...
Searches may be customized with many additional parameters. BLAST has many subtle functions that most users never need. 本地BLAST的基本步骤 用makeblastdb为BLAST提供数据库 选择blast工具,blastn,blastp 运行工具,有必要的还可以对输出结果进行修饰 第一步:建立检索所需数据库 BLAST数据库分为两类,核酸数据...
今天分享一篇学习笔记,主要包含blast序列比对和数据提取方法。 首先,需要准备RNA数据和蛋白质数据,本次利用蛋白质数据建立索引库,然后将RNA比对到蛋白质序列。 RNA数据 创建一个目录,导入mRNA序列数据,通常是一个fasta后缀文件。 在工作目录下创建alignment文件夹 ...
一.本地BLAST: 定义:本地BLAST是NCBI向用户提供的在计算机本地,对核酸、蛋白序列进行局部比对的算法工具 优缺点:本地BLAST具有可自建比对库、定义输出信息格式、无需连接网络等优点,但需要输入命令行,不如在线BLAST便捷 二.工具介绍: 在官网下载相应版本安装至自定义目录,在目录下的bin文件夹中就可以看到本地BLAST...
一、本地Blast用途介绍 二、本地Blast的安装 1、程序安装 2、安装流程 3、用户环境变量设置 三、Blast本地数据库的构建 1、数据的获取 2、数据库的格式化 四、Blast的使用方法 1、query序列的准备 2、查询命令的准备 3、比对结果说明 一、本地Blast用途介绍: ...
是一篇来自2018年10月7日的笔记。当时做了一批土壤氨氧化细菌(AOA/AOB)的amoA基因的克隆测序,需要对测序结果进行批量鉴定。为了节省时间,自学了blast本地比对,当时还使用的blast-2.7.1+版本。现在随意从NCBI下载了一些序列,重现并更新一下笔记。 一、软件安装 ...
一、本地Blast用途介绍: 在我们平时的学习、实验、和数据分析的时候经常会遇到将某条序列或者某个fasta文件比对到某个数据库的情况,或者已知序列与自定义数据库的比对,这种是在线blast无法完成的。下面就详细介绍一下本地的Blast(Basic Local Alignment Search Tool)的安装及使用。
2022-windows本地BLAST+安装 1.进入NCBI官网,点击BLAST 2.虾滑点击Download BLAST 3.点击 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/. 4.点击 ncbi-blast-2.13.0+-win64.exe, (不要点成后缀MD5… ILIFE Linux 安装Blast本地版 Blast是我们在分析数据常用的一个软件,功能是序列比对,相信...