与BLASTX相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列),这样每次比对会产生36种比对阵列。 五、BLAST本地化安装配置 1. 源码安装: wget-cft...
BLAST在Windows系统中本地化 简介 NCBI除了提供在线的Web BLAST序列比对服务外,还提供FTP方式下载序列比对工具。这允许在本地平台上针对从NCBI下载或本地创建的数据库执行BLAST搜索。这些实用程序没有图形用户界面,通过类似DOS的命令窗口运行,并通过基于文本的命令行开关接受输入。 以下内容介绍了在运行Windows 7操作系统...
一、本地Blast用途介绍: 在我们平时的学习、实验、和数据分析的时候经常会遇到将某条序列或者某个fasta文件比对到某个数据库的情况,或者已知序列与自定义数据库的比对,这种是在线blast无法完成的。下面就详细介绍一下本地的Blast(Basic Local Alignment Search Tool)的安装及使用。 二、本地Blast的安装: https://ft...
windows平台本地化blast2.8.0(构建NR本地数据库,批量生成pssm打分矩阵),程序员大本营,技术文章内容聚合第一站。
本地Blast是一种基于本地比对搜索工具，允许在自建数据库上进行搜索，相较于NCBI的在线服务，它具有速度快、搜索范围小的特点，尤其在没有互联网的情况下仍然能够进行搜索。例如，已知双生病毒中某个基因的功能，若想在禾谷镰刀菌中寻找序列相似的基因，可以通过在本地建立禾谷镰刀菌的数据库，然后使用本...
打开DOC窗口(点击开始,选择运行,打开的输入框中输入“CMD”,确定),访问Blast本地化程序所在文件夹,依次输入:(1)X:回车;(2)cdblast\bin,回车。 6.数据初始化。下载得到的数据库为fasta格式,需要经过格式转化才能建立本地数据库。上接第5(2)步,回车后,输入格式化数据库命令:(右键可粘贴)makeblastdb.exe–in ...
BLAST本地化安装配置 通过conda命令搜索和选择所需的BLAST版本进行安装，例如使用conda search blast。安装后，根据系统需求进行配置。BLAST+的运行 在使用BLAST+进行序列比对时，遵循特定的命令行参数以优化搜索效率和结果质量。BLASTALL的运行教程 对于构建核酸库的用户，BLASTALL提供了一套完整的运行指导。在...
从NCBI上下载Blast本地化程序,下载地址: 64×安装版▲ 64×解压(绿色)版▲最好安装或解压到X盘根目录:如X:\blast,尽量简短,方便后边命令输入。原始序列获得。方法1:找到转录组测序数据unigene数据库文件:unigene.fasta或unigene.fa,若为unigene。fa则直接改后缀为。fasta即可.找到或修改后将数据库文件移动至Blast...
Blast2GO官方提供的在线版本,第一速度非常慢,第二不利于我们提交后台进行大规模地对各种物种进行GO注释,因此公布自己实际操作过的搭建本地化Blast2GO流程,尽量让更多的师弟师妹们少走弯路。 二、主要功能: 1. 将序列比对到NCBI的Nr数据库,得到Nr注释
数据库准备直接下载数据库 从NCBI下载直接可用的数据库。构建数据库 通过NCBI Taxonomy ID下载目标物种的FASTA文件，然后转换为BLAST数据库格式。下载包含目标病毒所有核酸序列的FASTA文件，适用于本地比对。下载指定登录号的核酸序列，适用于已有genbank登录号的序列。构建数据库通过下载的FASTA文件构建BLAST数据...