(2)设置 BLASTDB_LMDB_MAP_SIZE 变量,方法和前面一样。其值为 1000000,这是为了在本地创建数据库时,实现 makeblastdb 的最佳功能。 (3)检查 path 变量中是否加入了我们安装的 blast 目录下的 bin 目录所在的路径。我这里是D:\software\blast\bin,这个路径一般在安装 blast 时软件就已经自动加入用...
2.比对 上面是blastn中的基本参数还有一些可选参数。 在平时使用时,设置常用的基本参数,基本就可以得到比对结果。 blast中有些参数是控制输出时展示比对结果数量的命令,这些是十分重要的,比如只匹配最佳比对序列,或者展示得分最高的几个序列,这些在本地化的blast中该如何设置? 1)-num_alignments 2)-max_target_se...
BLAST在Windows系统中本地化 简介 NCBI除了提供在线的Web BLAST序列比对服务外,还提供FTP方式下载序列比对工具。这允许在本地平台上针对从NCBI下载或本地创建的数据库执行BLAST搜索。这些实用程序没有图形用户界面,通过类似DOS的命令窗口运行,并通过基于文本的命令行开关接受输入。 以下内容介绍了在运行Windows 7操作系统...
一、本地Blast用途介绍: 在我们平时的学习、实验、和数据分析的时候经常会遇到将某条序列或者某个fasta文件比对到某个数据库的情况,或者已知序列与自定义数据库的比对,这种是在线blast无法完成的。下面就详细介绍一下本地的Blast(Basic Local Alignment Search Tool)的安装及使用。 二、本地Blast的安装: https://ft...
NR数据库包含了所有物种分类的蛋白序列数据,文章时间NR数据库大约83G大小,由于注释数据运行时间时间和数据库大小几乎呈集合级增长,另外防止其他物种序列影响注释结果,因此在NR数据库建库时可以根据NCBI提供的物种分类号文件对NR数据库序列进行分类,于我微生物研究方向一般使用bacteria和viruses的物种分类部分,因此本文章示例使...
blast本地化:格式化数据库(formatdb详解) Posted on2009 年 7 月 9 日 构建的fasta格式的数据库文件必须被formatdb格式化后,才能被blastall、blastpgp、MegaBLAST使用。数据库文件也可以是ASN.1格式,但较少用到,所以下面还是主要以FASTA格式为例。 formatdb格式化数据库后,创建三个主要的文件——库索引(indices),序...
打开DOC窗口(点击开始,选择运行,打开的输入框中输入“CMD”,确定),访问Blast本地化程序所在文件夹,依次输入:(1)X:回车;(2)cdblast\bin,回车。 6.数据初始化。下载得到的数据库为fasta格式,需要经过格式转化才能建立本地数据库。上接第5(2)步,回车后,输入格式化数据库命令:(右键可粘贴)makeblastdb.exe–in ...
blast本地化详解 第十章生物信息学分析方法
大家一般都做过基于网络的BLAST ,但网络BLAST一般只能搜索一个序列,要搜索多个序列,特别是做大量的数据比较时,网络BLAST几乎是不可能的,这个时候我们就可以考虑做本地BLAST了。 使用本地BLAST的原因 特殊的数据库要求 涉及序列的隐私与价值 批量处理 与其它本地程序配合使用 ...
1、新版blast本地化构建+数据库下载+序列间的相似性检索Ethn obota ny前面记录了 blast-2.2.23-ia32-win32的本地化构建及相似性检索,NCBI新近对blast程序做了一些修改推出了 blast+,这里结合网上资料、 blast+的user manual对blast+的本地化构 建及使用作一引荐。1blast+的本地化构建链接到:ftp:/ftp. ncbi...