wget-cftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gzwget-cftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gztar-zxvfncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gzexportPATH="/mnt/nas1/wanghw/soft...
步骤01:下载库文件 使用BLAST+自带的update_blastdb.pl脚本下载nr和nt等库文件,直接运行下列命令即可自动下载,或者fasta手动格式化数据库。 步骤02:格式化数据库 示例:makeblastdb -in demo.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname 参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl -out...
BLAST本地化安装配置 通过conda命令搜索和选择所需的BLAST版本进行安装，例如使用conda search blast。安装后，根据系统需求进行配置。BLAST+的运行 在使用BLAST+进行序列比对时，遵循特定的命令行参数以优化搜索效率和结果质量。BLASTALL的运行教程 对于构建核酸库的用户，BLASTALL提供了一套完整的运行指导。在...
1. 查看log文件是否有提示;2. 查看update_blastdb.pl是否还在运行:执行ps -aef | grep update_blastdb.pl | grep -v update_blastdb.pl命令,如过没有结果,则说明没有运行了。 下载完成后解压所有tar.gz文件(用通配符)即可: nohup time tar -zxvf *.tar.gz > log2 & 提示:今后要更新库文件的时候,按...
本教程是利用win10本地化BLAST+实现多肽匹配蛋白的快速特异性分析 即使是零基础按照步骤来也可以顺利完成blast的安装与操作。 下面让我们开始吧! 1. 在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载和自己操作系统匹配的BLAST+本地化安装程序。
这里我们就讲解如何本地化Blast2go完成蛋白序列到GO数据库的注释。 前期准备 Mysql,这个肯定不用说了,必须的要的,我的是ubuntu 14.04,用apt默认安装的,然后将默认数据库目录改到自己的空间大的目录下,我是改到home目录下了,可参考修改mysql默认数据库目录 ...
你可以选择在linux下或者windows下进行blast2go的架构,下面的教程适用于两种系统的安装。 1.准备工作 安装MySQL(请参考“MySQL-5.6.12.2下载与安装”); 下载并解压以下数据库和文件(访问官网): local_b2g_db.zip、b2g4pipe_v2.5.zip、gene_info.gz、gene2accession.gz、idmapping.tb.gz、 ...
在线提交地址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 官方文档:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/ NCBI使用指南 步骤 01 下载库文件 使用BLAST+自带的update_blastdb.pl脚本下载nr和nt等库文件,直接运行下列命令即可自动下载,或者fasta手动格式化数据库。
这里我们就讲解如何本地化Blast2go完成蛋白序列到GO数据库的注释。 前期准备 Mysql,这个肯定不用说了,必须的要的,我的是ubuntu 14.04,用apt默认安装的,然后将默认数据库目录改到自己的空间大的目录下,我是改到home目录下了,可参考修改mysql默认数据库目录 ...
BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。