bcftools annotate -a db.vcf -c ID,QUAL,+TAG view.vcf -o annotate.vcf # -a参数指定注释用的数据库文件,格式可以是VCF, BED, 或者是\t分隔的自定义文件,必须包含CHROM, POS字段。 # -c参数指定将数据库的哪些信息添加到输出文件中。 (2)编辑文件,去除部分注释信息 bcftools annotate -x ID,INFO/DP,...
query命令也是用于格式转换,和view命令不同,query通过表达式来指定输出格式,可定制化程度更高。用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 bcftools query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT[\t%SAMPLE=%GT]\n' view.vcf.gz -f参数通过一个表达式来指定输出格式,其中变量的写法如下 %CHROM 代...
运行成功后,会生成索引文件view.vcf.gz.csi。如果需要建立.tbi格式的索引,用法如下 bcftools index -t view.vcf.gz 1. tbi索引文件为view.vcf.gz.tbi。 2. view view命令可以用于VCF和BCF格式的转换,用法如下 bcftools view view.vcf.gz -O...
bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分,用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 ...
Hi, I am using bcftools view -R regions.bed input.vcf.gz to extract only those variants present in regions.bed. However, I get only those variants not present in regions.bed, so exactly the opposite. I really don't know what is going on...
bcftools view -s WES22070248.bam /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.vep.flt.vcf|less -S 仅挑选指定WES22070248.bam的vcf,且 过滤掉纯合野生型和no call的位点,仅挑选INFO中的CSQ字段,left-align indel、去重、uniq bcftools view -s WES22070248.bam /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.vep.flt....
}call_samtools_view() {echo"samtools view"$1samtools view -t~/references/Homo_sapiens_assembly38.fasta -o /dev/null$1echo"returns"$?yes''|head -n2 } call_bcftools_mpileup good.cram call_samtools_view good.cram call_bcftools_mpileup good.bam ...
$bcftools view -cvNg 1.bcf>1.vcf#-c,用贝叶斯推理进行calling;-v,只输出variant位点(force -c);-g 在variant位点,call per-sample genotypes(force -c);-N 跳过REF中不是A/T/C/G的点 #对vcf文件进行过滤 $vcfutils.pl varFilter -D100 > var.flt.vcf #-D ...
bcftools annotate -a db.vcf -c ID,QUAL,+TAG view.vcf -o annotate.vcf -a参数指定注释用的数据库文件,格式可以是VCF, BED, 或者是\t分隔的自定义文件。在\t分隔的自定义文件中,必须包含CHROM, POS字段;-c参数指定将数据库的哪些信息添加到输出文件中。