I am using bcftools view -R regions.bed input.vcf.gz to extract only those variants present in regions.bed. However, I get only those variants not present in regions.bed, so exactly the opposite. I really don't know what is going on... Any help? Thanks! Anna I noticed something simi...
使用bcftools view命令可以根据需要筛选VCF.gz文件中的记录。例如,筛选出染色体为chr1且位置在1000000到2000000之间的记录,可以使用以下命令: bcftools view -O z -o output.vcf.gz file.vcf.gz chr1:1000000-2000000 其中,-O z选项指定输出文件的格式为.gz压缩的VCF格式,-o选项指定输出文件名为output.vcf.gz,c...
bcftools annotate -x ID,INFO/DP,FORMAT/DP view.vcf -o removed.id.vcf # -x参数表示去除VCF文件中的注释信息,可以是其中的某一列,比如ID, 也可以是某些字段,比如INFO/DP,多个字段的信息用逗号分隔;去除之后,这些信息所在的列并不会去除,而是用.填充。 --rename-chrsfile:旧名字 新名字 空格分隔,一行一...
bcftools view -R id.list snp.vcf.gz >snp.pos.vcf #提取子集 4. 最后就会得到想要(基因)位置的snp/indel信息
-R: 用于指定需要处理的区域。 实战演练 首先利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和inde索引格式,因为bcftools的输入文件有这两项,需要用到“-Oz”和“index”命令,具体如下: bcftools view ExAC.vcf -Oz -o ExAC.vcf.gzbcftools index ExAC.vcf.gz
1bgzip test.vcf2tabix -p vcf test.vcf.gz3bcftools view -R chr_pos.list test.vcf.gz >new.pos.vcf 三、直接提取测序个体样品名 1bcftools query -l test.vcf >ind.list 1head -100 test.vcf |grep"#C"|cut -f10-|xargs -n 1 >ind.list # 不调用软件这样也行 ...
-r STR only output reads in read group STR [null] -s FLOAT fraction of templates to subsample; integer part as seed [-1] -? longer help 例子: 将sam文件转换成bam文件 $ samtools view -bS abc.sam > abc.bam $ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam ...
bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分,用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可...
bcftools也可以进行SNP calling。...在之前的版本中,通常都是和samtools的mpileup命令结合使用, 命令如下 samtools mpileup -uf ref.fa aln.bam | bcftools view -bvcg -...> var.raw.bcf 由于samtools和bcftools更新得都很快,只要有一个版本不对,采用上面的pipeline就会报错。...为了减少版本不合适带来的问题,...
Yes I have tried those but it still gives me the same error. When I use the bcftools view command it gives me the same error that says it can't open the file because it's not compressed with bgzip. But it can open the file because when I just runbcftools view -h file.vcf.gzit...