bcftools view -s WES22070248.bam /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.vep.flt.vcf|bcftools view -e ‘FMT/GT[0]==”RR” || FMT/GT[0]==”mis”‘ | bcftools annotate -x ^INFO/CSQ |bcftools norm -d none|less -S 列出所有样本 bcftools query -l /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All....
bcftools.20170411.exc.norm.SNP.filtered.vcf.gz / #bcftools stats and filtering: ~/bin/bcftools 1.1K20 bcftools学习笔记(二) 1. annotate annotate命令有两个用途,第一个是用于注释VCF文件,用法如下 bcftools annotate -a db.vcf -c ID,QUAL,+TAG view.vcf -...经典的应用场景包括合并不同染色体上的...
one per line[null]#使用在FILE中的指定bam文件-l<int>read length threshold(ignore reads shorter than<int>)[0]#忽略掉长度小于此INT值的reads-d/-m<int>maximum coverage depth[8000]#最大深度值-q<int>base quality threshold[0]#只计算碱基质量值大于此值的reads-Q<int>mapping quality threshold[0]#...
Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> Options: -m 设置运行内存大小,默认是500,000,000(即500M,支持K/M/G缩写)。对于处理大数据时,如果内存够用,可设置大些,以节约时间。 -n 设定排序方式,按short reads的ID排序。默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即header和序列从左...
[0]...== 1" | \ bcftools filter -m + -s "strand_bias" -e "SOR > 3" | \ bcftools filter -m + -s "low_qual..." -e "QUAL bcftools filter -m + -s "short_tandem_repeat" -e "RPA[0]>=10" | \ bcftools...[0] bcftools norm -f $fasta -m +any | \ sentieon util ...