用法:bcftools[--version |--version only][--help]<argument> 命令: --索引 索引VCF/BCF文件 --VCF/BCF操作 注释注释和编辑VCF/BCF文件 concat连接来自同一组样本的VCF/BCF文件 将VCF/BCF文件转换为不同格式并返回 VCF/BCF文件的isec交叉点 合并来自非重叠样本集的VCF/BCF文件 norm left align和normalize ind...
bcftools view -s WES22070248.bam /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.vep.flt.vcf|bcftools view -e ‘FMT/GT[0]==”RR” || FMT/GT[0]==”mis”‘ | bcftools annotate -x ^INFO/CSQ |bcftools norm -d none|less -S 列出所有样本 bcftools query -l /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All....
bcftools的多个子命令中都有--collapse参数的身影,例如bcftools norm 和bcftools concat中 -d和-D这两个参数,这两个参数的作用是去重duplicate 位点,去除的方式将按照通用参数 --collapse中指定的几个可选参数进行,这些方式包括如下截图中的几种 可以看到参数none将会认为chr,pos,ref,alt也就是染色体号,位置,referen....
bcftools例外,其中一些标签将被更新(除非使用 -l,--no-update选项)。 -S, --samples-file[^]FILE:一行一个样本,用法与-s用法相同,只是样本会被写在结尾。bcftools call接受可选的第二列,该列指示倍性(0,1或2)或性别(由--ploidy定义,例如“F”或“M”)。 2. bcftools annotate[OPTIONS]FILE (1)注释VC...
bcftools.20170411.exc.norm.SNP.filtered.vcf.gz / #bcftools stats and filtering: ~/bin/bcftools 1.1K20 bcftools学习笔记(二) 1. annotate annotate命令有两个用途,第一个是用于注释VCF文件,用法如下 bcftools annotate -a db.vcf -c ID,QUAL,+TAG view.vcf -...经典的应用场景包括合并不同染色体上的...
norm plugin query reheader sort view 3. 对VCF/BCF 建立索引 对应的子命令为index bcftools 是C语言开发的,所以处理速度非常快,可以看做是VCFtools 的升级版本。 bcftools 在处理文件时,还可以识别bgzip压缩之后的VCF文件。在后续文章中,会对bcftools的用法进行详细介绍。
norm left-align and normalize indels plugin user-defined plugins query transform VCF/BCF into user-defined formats reheader modify VCF/BCF header, change sample names sort sort VCF/BCF file view VCF/BCF conversion, view, subset and filter VCF/BCF files ...
输出文件可以用于plot-vcfstats命令,进行可视化, 这个脚本位于bcftools安装目录的misc目录下。用法如下 $ plot-vcfstats view.stats-p output -p参数指定输出结果的目录,这个脚本依赖latex 生成pdf 文件,所以系统上的latext 一定要安装好。 输出目录下文件很多,详细列表如下 ...
view命令的用法和常用参数: Usage:samtools view[options]<in.bam>|<in.sam>[region[...]]默认情况下不加region,则是输出所有的region.Options:-b 默认输出sam格式文件,该参数设置输出bam格式-h 默认输出的sam格式文件不带header,该参数设定输出sam文件时带header信息-H只输出header部分-S默认情况下输入时bam文件...