bcftools一般更倾向于接受bcf格式,一般需要对vcf进行bcf格式转化、构建索引操作。bcf格式是vcf格式的压缩版本。 可以进行变异查找、bcf、vcf文件处理 1. 在处理前需要对VCF/BCF文件进行bgzip压缩 bcf、bam、tabix格式均采用bgzip压缩格式 # 压缩 bgzip view.vcf # 解压 bgzip -d view.vcf.gz # 构建索引 bcftools...
I hope this is not something that has been already asked before. Here an example VCF file: ## fileformat=VCFv4.1 ## FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed"> ## FORM...
bcftools view -s WES22070248.bam /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.vep.flt.vcf|bcftools view -e ‘FMT/GT[0]==”RR” || FMT/GT[0]==”mis”‘ | bcftools annotate -x ^INFO/CSQ |bcftools norm -d none|less -S 列出所有样本 bcftools query -l /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All....
bcftools norm 用于对VCF文件进行规范化处理,包括拆分多等位位点、合并相邻位点等 bcftools annotate 用于给VCF文件添加注释信息 参数解释 bcftools 命令中常用参数: -f: 用于指定参考基因组文件。 -i: 用于进行过滤,只保留符合条件的位点或样本信息。 -c: 用于对VCF文件进行压缩,提高文件的存储和传输效率。 -g: 用...
bcftools norm 用于对VCF文件进行规范化处理,包括拆分多等位位点、合并相邻位点等 bcftools annotate 用于给VCF文件添加注释信息 参数解释 bcftools 命令中常用参数: -f: 用于指定参考基因组文件。 -i: 用于进行过滤,只保留符合条件的位点或样本信息。 -c: 用于对VCF文件进行压缩,提高文件的存储和传输效率。
bcftools norm --remove-duplicates --rm-dup=exact symbolic_uniq.vcf If this is difficult, it would be good to at the least raise a warning about this, as current behavior is silent data loss. Thanks bcftools --version bcftools 1.20 Using htslib 1.20 ...
software/bcftools-1.6/plugins; )也可加入~/.bashrc bcftools +split-vep -S /bi/database/VEPseverity.txt.../All.vep.flt.vcf | bcftools +split -S /dev/stdin -Oz -o ...”‘ | bcftools annotate -x ^INFO/CSQ |bcftools norm -d none|less -S 列出所有样本 bcftools query -l /bi/8.xu...
bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分,用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可...
bcftools的多个子命令中都有--collapse参数的身影,例如bcftoolsnorm 和bcftoolsconcat中 -d和-D这两个参数,这两个参数的作用是去重duplicate 位点,去除的方式将按照通用参数 --collapse中指定的几个可选参数进行,这些方式包括如下截图中的几种 可以看到参数none将会认为chr,pos,ref,alt也就是染色体号,位置 ...
一、修改步骤 1、进入修改my.cnf文件 vim /etc/my.cnf 2、在[mysql]里增加prompt项 prompt=\\u@\\d \\R:\\m mysql> 3、修改完成后,ESC进入命令模式,:wq退出 4、重启MySQL服务 service mysqld restart 二、修改的前后对比图 修改前: 修改后: 三、常用参数说明: 格式示例:prompt=\\u@\\... ...