本篇主要介绍annotate, concat, merge, isec, stats这五个命令。 生信修炼手册 2020/05/11 5.2K2 SnpSift学习笔记(三) 文件存储 本篇主要介绍caseControl, rmRefGen, tstv, rmInfo, gt, vcfcheck这6个命令的用法。 生信修炼手册 2020/05/11 5120 bcftools 高级用法 数据库sqljavascript export BCFTOOLS_PLUGINS...
n"; } static const char *usage_text(void) { return "\n" "About: Compare two files and set non-identical genotypes in the first file to missing.\n" "\n" "Usage: bcftools +isecGT <A.bcf> <B.bcf> [Plugin Options]\n" "Plugin options:\n" " -o, --output FILE Write output...
vcf-compare提供了BEDTools的其他统计信息,包括重复位点的数量和Venn-Diagram数字,它们显示了每个相应的VCF文件中非它变体的数量 bcftools isec还提供了Venn-Diagram数字,并根据这些交集另外创建了VCF文件。 bedtools 比较两个VCF文件? 目前个人还是倾向于bcftools!©...
Usage: samtools sort [-n] [-m<maxMem>]<in.bam><out.prefix>Options: -m 设置运行内存大小,默认是500,000,000(即500M,支持K/M/G缩写)。对于处理大数据时,如果内存够用,可设置大些,以节约时间。 -n 设定排序方式,按short reads的ID排序。默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即header和序列从左往右的...
isec intersections of VCF/BCF files merge merge VCF/BCF files files from non-overlapping sample sets norm left-align and normalize indels plugin user-defined plugins query transform VCF/BCF into user-defined formats reheader modify VCF/BCF header, change sample names ...
vcfisec.c vcfisec.c.pysam.c vcfmerge.c vcfmerge.c.pysam.c vcfnorm.c vcfnorm.c.pysam.c vcfplugin.c vcfplugin.c.pysam.c vcfquery.c vcfquery.c.pysam.c vcfroh.c vcfroh.c.pysam.c vcfsom.c vcfsom.c.pysam.c vcfsort.c vcfsort.c.pysam.c vcfstats.c vcfstats.c.pysam.c vc...