-f, --apply-filtersLIST:可筛选FILTER列的信息,如果想筛选PASS的记录可以用 -f PASS -o, --outputFILE:输出文件 -O, --output-typeb|u|z|v[0-9]:规定输出文件格式 压缩BCF (b),不压缩 BCF (u), 压缩 VCF (z),不压缩 VCF (v),-Ou 参数可以在bcftools管道符命令中使用,可减少vcf、bcf格式的转...
排除变异:如果您想排除符合条件的变异而不是保留它们,可以使用-O选项来定义排除条件。bcftools filter -e 'QUAL < 10' -O t input.vcf.gz -o excluded.vcf 特定区域的过滤:如果您只想对特定染色体区域的变异进行过滤,可以使用-r选项指定区域。bcftools filter -r chr1:1000-2000 -e 'QUAL > 20' input.vc...
-r:从特定区域提取varients信息,格式 chr|chr:pos|chr:from-to|chr:from-[,…] bcftools query -t ^'19:400300-400800' -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT\n' 排除特定区域 (5) sort按照染色体位置进行排序 bcftools sort view.vcf.gz -o sort.view.vcf (6) filter过滤不可靠位点 bcftools filter -O...
bcftools filter -e 'QUAL < 10' -O t input.vcf.gz -o excluded.vcf 特定区域的过滤:如果您只想对特定染色体区域的变异进行过滤,可以使用-r选项指定区域。 bcftools filter -r chr1:1000-2000 -e 'QUAL > 20' input.vcf.gz -o filtered_region.vcf 其他选项:bcftools还提供其他选项,例如基于频率的过滤...
$ bcftools filter -i ' FILTER=="PASS" && DP>20 && GQ>100 && QUAL>100' "$outDIR"_norm/"$out_basen (3) 提取 突变位点的AD和DP,顺便可以计算 VAF: $ bcftools query-f'[%AD]\n'"$outDIR"/"$out_basename"|awk'BEGIN{FS=","}{ print $2 }'>>"$outDIR"_tmp/"$out_basename"_AD...
bcftools filter-r chr1:1000-2000-e'QUAL > 20'input.vcf.gz-o filtered_region.vcf 其他选项:bcftools还提供其他选项,例如基于频率的过滤和过滤特定基因型的变异。您可以查阅bcftools的官方文档以获取更多详细信息。 请根据您的具体需求修改上述示例中的过滤条件和选项。过滤条件应根据您的数据和研究问题进行调整,...
bcftools filter 命令可以用于过滤 SNP 和 Indel,如过滤掉 quality 值低于 20 的 SNP: bcftools filter -i '%QUAL>20' file.vcf > filtered.vcf 3. 统计 SNP 和 Indel bcftools stats 命令可以用于统计 SNP 和 Indel 的信息,如统计文件中 SNP 和 Indel 的数量: ...
filter.h Support dynamic variables read from a tab-delimited annotation file Apr 19, 2024 gff.c Extend transcript boundaries instead of skipping the transcript Dec 11, 2024 gff.h Update a non-functional link in the commented source code Jun 20, 2024 gvcf.c New -*,--keep-unseen-allele opti...
bcftools filter -s LowQual -e '%QUAL<20 || DP>100' NA12878_snp_A2G_chr20_225058.raw.vcf > NA12878_snp_A2G_chr20_225058.flt.vcf 1. bcftools view 可以查看bcf数据结果。 结果: xubo@xubo:~/xubo/data/avocado/NA12878_snp_A2G_chr20$ cat NA12878_snp_A2G_chr20_225058.flt.vcf ...
This is the official development repository for BCFtools. See installation instructions and other documentation here http://samtools.github.io/bcftools/howtos/install.html - bcftools/filter.c at 68c8aba410169e83440b224ab0ed5c82d3d7a6da · samtools/bcftoo