bcftools filter -e 'QUAL < 10' -O t input.vcf.gz -o excluded.vcf 特定区域的过滤:如果您只想对特定染色体区域的变异进行过滤,可以使用-r选项指定区域。bcftools filter -r chr1:1000-2000 -e 'QUAL > 20' input.vcf.gz -o filtered_region.vcf 其他选项:bcftools还提供其他选项,例如基于频率的过滤和...
bcftools filter -e 'QUAL < 10' -O t input.vcf.gz -o excluded.vcf 特定区域的过滤:如果您只想对特定染色体区域的变异进行过滤,可以使用-r选项指定区域。 bcftools filter -r chr1:1000-2000 -e 'QUAL > 20' input.vcf.gz -o filtered_region.vcf 其他选项:bcftools还提供其他选项,例如基于频率的过滤...
bcftools filter-e'QUAL < 10'-Ot input.vcf.gz-o excluded.vcf 特定区域的过滤:如果您只想对特定染色体区域的变异进行过滤,可以使用-r选项指定区域。 代码语言:javascript 复制 bcftools filter-r chr1:1000-2000-e'QUAL > 20'input.vcf.gz-o filtered_region.vcf 其他选项:bcftools还提供其他选项,例如基于频...
bcftools view -i "MAC>=0" bcftools view -c 1 -c 1:nonmajor bcftools filter -e "MAC == 0" 提取、合并、删除 提取指定染色体 bcftools view --region chr1,chr5,chr8 input.vcf.gz bcftools query -f "%CHROM\t%POS\n" 提取指定区域 ...
Usage:samtools view[options]<in.bam>|<in.sam>[region[...]]默认情况下不加region,则是输出所有的region.Options:-b 默认输出sam格式文件,该参数设置输出bam格式-h 默认输出的sam格式文件不带header,该参数设定输出sam文件时带header信息-H只输出header部分-S默认情况下输入时bam文件,若输入是sam文件,则最好...
*Filter variants per region (in this example, print out only variants mapped to chr1 and chr2) 02 Bioinfo|bedtools-操作VCF文件 初步设想在Bioinfo板块中分享一些常见的生信分析软件的使用,原则就是有现成的轮子就不去自己造了。 您找到你想要的搜索结果了吗?
默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header for the SAM output 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息
|---deletion---| Observed seq: CCTC CCGTGG Reference seq: CCTCTGTCACAGGCTTACCCTCCGTATTCACCGTGG ^ |---bed region---| position 10000 Here's the corresponding VCF and BED files: in.vcf.gz ##fileformat=VCFv4.2 ##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> ##contig=<ID=1,...
bcftools filter New--mask,--mask-fileand--mask-overlapoptions to soft filter variants in regions (#1635) bcftools +fixref The-m idoption now works also for non-dbSNP ids, i.e. not justrsINT New-m flip-allmode for flipping all sites, including ambiguous A/T and C/G sites ...
new ILEN filtering expression to be able to filter by indel length new MEAN, MEDIAN, MODE, STDEV, phred filtering functions new formatting expression %PBINOM (phred-scaled binomial probability), %INFO (the whole INFO column), %FORMAT (the ...