bcftools filter 示例:#将QUAL值小于10的FILTER列注释为 lowQual bcftools filter view.vcf -s lowQual -e 'QUAL<10' -Ob -o out.bcf 6.10 bcftools index [OPTIONS] in.bcf | in.vcf.gz该命令用于对 bgzip 压缩的 VCF/BCF 文件建立索引,方便获取随机位置信息。该命令默认会产生 CSI (位置排序信息) ...
bcftools view 命令可以用于可视化 SNP 和 Indel,如将文件中的 SNP 和 Indel 可视化为 HTML 文件: bcftools view -H -v snps file.vcf | vcfutils.pl varFilter -d 5 > filtered.vcf bcftools view -H -v indels file.vcf | vcfutils.pl varFilter -d 5 >> filtered.vcf bcftools stats filtered.vcf ...
最后一个参数：输入BCF文件（genotype_likelihoods.bcf）。7. Bcftools filter变异文件 bcftools filter可...
bcftools view 命令可以用于可视化 SNP 和 Indel,如将文件中的 SNP 和 Indel 可视化为 HTML 文件: bcftools view-H-v snps file.vcf|vcfutils.pl varFilter-d5>filtered.vcf bcftools view-H-v indels file.vcf|vcfutils.pl varFilter-d5>>filtered.vcf bcftools stats filtered.vcf>stats.txt plot-vcfstats-...
1、bcftools提取指定区段的vcf文件 下载安装bcftools 见如下命令: 1 bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip ...
bcftools norm--fasta-ref'$fasta_file'--multiallelics-both--output'$outDIR'_norm/'$out_basename'--output-type z'$inputVCF' (关于左对齐的规则,请看下图) 2. 根据条件进行筛选,比如:筛选出FILTER列是PASS的,DP >20 , GQ >100, QUAL >100的位点: ...
bcftools filter 命令可以用于过滤 SNP 和 Indel,如过滤掉 quality 值低于 20 的 SNP: bcftools filter -i '%QUAL>20' file.vcf > filtered.vcf 3. 统计 SNP 和 Indel bcftools stats 命令可以用于统计 SNP 和 Indel 的信息,如统计文件中 SNP 和 Indel 的数量: ...
./fcgene --gens example/example.chr22.impute2 --thresh0.9\--info example/example.chr22.impute2_info\--info-thresh info_thresh_value\--maf-thresh maf_thresh_value\--filter-snphwe=1e-2\--pedinfo example/impute.pedinfo\--oformatplink --outexample/impute_plink ...
bcftools filter -s LowQual -e '%QUAL<20 || DP>100' NA12878_snp_A2G_chr20_225058.raw.vcf > NA12878_snp_A2G_chr20_225058.flt.vcf 1. bcftools view 可以查看bcf数据结果。 结果: xubo@xubo:~/xubo/data/avocado/NA12878_snp_A2G_chr20$ cat NA12878_snp_A2G_chr20_225058.flt.vcf ...
2 ##FILTER=<ID=q10,Description="Quality below 10"> ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer...