#执行对接命令 vina --config config.txt --ligand abi0.pdbqt --out vina-abi0.pdbqt --log vina-abi0.log Step 4. 提交作业; 2个4核心节点启动8个并行任务,每个任务使用1个cpu核心。 sbatch -N1-p c-4-1 -n4-c1AutoDockVina.sh 查看作业运行情况及参数详细介绍请点击查看slurm命令。 结果文件下载请...
AutoDock Vina下载地址: https://vina.scripps.edu/downloads/ 这里我们选择下载“autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz”; 下载完成后,进入文件目录,输入以下命令进行解压即可: tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz 同样的,可以将解压后的文件放在任意位置。 MGLTools下载地址: https://ccsb.scripps...
4.AutoDock vina教学视频-Win系统下多个配体与多个受体对接, 视频播放量 429、弹幕量 0、点赞数 1、投硬币枚数 0、收藏人数 13、转发人数 1, 视频作者 中科科翼, 作者简介 计算模拟,专业更专注, 真诚服务,科学更严谨, 中科科翼,专业计算模拟技术服务商, 您提需求,我
分子对接教程第一章:AutoDock Vina结合模式预测 导语 本教程以人类热休克蛋白90(Heat Shock Protein 90,HSP90)为例,介绍如何使用AutoDock Vina结合AutoDockTools和其他辅助软件进行结合模式研究的一般流程。 首先将已知结合构象的配体… 小殷发表于生物/化学... 小分子虚拟筛选与分子模拟课程——3.小分子数据库介绍...
本视频简要介绍了如何安装AutoDock Vina。AutoDock Vina官网:https://vina.scripps.edu/AutoDock Vina百度网盘下载链接:https://pan.baidu.com/s/1o2KIoE3slTfYJgkUuU67XA?pwd=4mzw 提取码: 4mzw, 视频播放量 2532、弹幕量 1、点赞数 35、投硬币枚数 17、收藏人数 56、转
1、做过不少体系,dock6的结果更接近晶体构象或者能够解释实验现象,而vina则不太行。比如,我以前在做教程的时候,同一个PDB蛋白用dock6只产出少量(经常是一两个)pose结果,且第一个(也就是打分最好的)结果与实验晶体结构非常一致,而用vina则产生很多结果,没有一个好的。当然,并不是说vina对所有体系都没有好结果...
使用AutoDockVina执行docking预测。 在windows命令行提示符或linux终端下运行命令 vina--config conf.txt,大概需要几分钟时间。 2. 输出结果包含两个文件,构象文件dockingResult.pdbqt和日志文件docking.log。 dockingResult.pdbqt: 包含所有docking的模式,通常第一个为结合最好的构象,但如果前几个能量值相差不大时也有...
共价对接 化学机制研究 2AutoDock软件 目前这个软件包括多个互补的工具：Autodock Vina：是一种即用型分子对接程序，使用快速梯度优化构想搜索算法和简单的评分函数。AutoDock4：基于经验自由能力场和快速lamarckian 遗传算法的对接程序。Raccoon2：虚拟筛选的交互图形界面和分析。AutoDockTools（ADT）：图形交互界面，用来...
如果在使用Autodock Vina时需要提高对接效率，您可能会考虑使用Quickvina。它是一种快速的分子对接工具，能显著减少计算时间，提高对接的效率。在探索对接工具时，DOCK6（由UCSF DOCK6提供）也被提及为一种更好的选择。UCSF DOCK6提供了与Autodock Vina不同的优化算法，可能在对接准确率和效率方面有所优势...
在进行Autodock Vina分析前,我们需要对蛋白分子的格式进行转化,需要将.pdb格式转化为.pdbqt。这里通过Autodock tools软件进行转化。 1. 载入蛋白文件 载入蛋白文件 2. 加氢处理 image.png 点击ok 3. 计算电荷 计算电荷 点击确定 4. 保存处理后的蛋白pdb文件 ...