1.2.2版本的Vina可以使用3种力场,分别是AutoDock4、Vina和Vinardo力场。此次使用教程的介绍不涉及力场的测评。 4a. 采用AutoDock4力场 如果采用AutoDock4力场进行分子对接,需要提供原子类型的映射表,即第3步中的map系列文件。并且在vina运行命令里面添加关键词--scoring ad4 $ vina -
autodock-vina_1.2.5-2build1_arm64.deb Hämtningssida förautodock-vina_1.2.5-2build1_arm64.debpå 64-bit ARMv8-maskiner Om du kör Ubuntu rekommenderas det å det bestämdaste att du använder en pakethanterare somaptitudeellersynapticför att hämta och installera paket,...
本发明公开了一种基于GPU加速AutoDock Vina的方法及实现,该方法通过增加初始随机配体构象的数目来扩展蒙特卡罗的迭代局部搜索方法中对接线程的并行规模,减少蒙特卡罗的迭代局部搜索方法中的搜索步数,利用OpenCL实现AutoDock Vina中CPU和GPU异构并行结构以此达到更高水平的并行和加速能力。现代药物筛选需要面对海量的化合物数据...