设置的柔性侧链、配体以及保留的Poses数目是否正确,本例中设置只保留对接后的10个Poses;在“AutoDock”和“VINA”选项栏中可分别调用AutoDock和AutoDock Vina执行对接运算,如果使用AutoDock进行对接,依次点击“Write AutoDock Input File(s) -> Run AutoGrid -> Run AutoDock”即可;类似的如果使用AutoDock Vina执行...
1、做过不少体系,dock6的结果更接近晶体构象或者能够解释实验现象,而vina则不太行。比如,我以前在做教程的时候,同一个PDB蛋白用dock6只产出少量(经常是一两个)pose结果,且第一个(也就是打分最好的)结果与实验晶体结构非常一致,而用vina则产生很多结果,没有一个好的。当然,并不是说vina对所有体系都没有好结果...
1) AutoDock下载: https://autodock.scripps.edu/,需下载AutoDock Vina与AutoDock Tools。 2) Mgltools下载: http://mgltools.scripps.edu/downloads。 3) PyMOL下载: https://pymol.org/2/,学术版免费下载,对蛋白结构进行前处理及对接结果可视化。 4)OpenBabel下载: https://openbabel.org/wiki/Main_Pa...
AutoDock Vina是继Autodock4后，由斯克里普斯研究所设计制作的新一代分子对接软件。不需要对配体和受体选择原子类型和预计算网格图，AutoDock Vina被认为在结合模型预测的平均准确性上相对于它的前辈AutoDock 4.1有明显提高，速度上比AutoDock 4.1快大概两个数量级。3.AutoDockTools AutoDockTools简称ADT，ADT就是一...
Autodock对接出错 autodock vina一点击运行对接就报错解决办法 line 898, in tryto Error: 【Error2】 4215 3 31:00 App 啰嗦版本-pymol处理分子对接结果 1348 1 24:59 App Autodock安装和对接一站式流程 6489 7 19:38 App 利用PyMOL和Autodock vina 来进行分子对接 6831 2 15:29 App 寻找靶点和小...
https://autodock.scripps.edu/,需下载AutoDock Vina与AutoDock Tools。 2) Mgltools下载: http://mgltools.scripps.edu/downloads。 3) PyMOL下载: https://pymol.org/2/,学术版免费下载,对蛋白结构进行前处理及对接结果可视化。 4) OpenBabel下载: ...
使用AutoDockVina执行docking预测。 在windows命令行提示符或linux终端下运行命令 vina--config conf.txt,大概需要几分钟时间。 2. 输出结果包含两个文件,构象文件dockingResult.pdbqt和日志文件docking.log。 dockingResult.pdbqt: 包含所有docking的模式,通常第一个为结合最好的构象,但如果前几个能量值相差不大时也有...
AutoDock-Vina 是用于分子对接和虚拟筛选的开源程序,由Scripps研究所分子图形实验室的Oleg Trott博士设计和实现,是目前使用最为广泛的分子对接软件之一。
为了进行Autodock Vina的安装，您有几种方法可以选择。首先，您可以直接访问其官方网站在Downloads部分下载最新版本，之后双击安装程序，通常选择默认选项即可。记得记录安装路径，以便后续使用vina.exe文件。在安装完成后，您需要在电脑上找到并复制vina.exe文件至一个默认文件夹中，确保该文件夹路径不含中文...
3,安装AutoDock VINA 从上下载vina,安装在C:\vina\里。假设您的vina的文件名为 4,下载受体文件并保存对接配置参数文件 1)登陆结合位点数据库:在query检索框输入”1fpu”,选1fpu那行,点击search 3)下载现成的受体pdbqt文件 4)解压,获得受体文件:。