AutoDock vina的计算需要用到两个程序,即vina.exe和vina_split.exe。其中vina.exe是用来做对接,vina_split.exe用来分割对接构象结果。在运算之前,从下载好的文件夹中复制这两个程序至6NJS文件夹中。同时将保存的蛋白及原配体的.PDB文件也放置在该文件夹中,其中6njs.pdb为蛋白文件,KQV701.pdb为原配体文件。
17.进行vina对接(“docking”“output”“vina config”) 18.设置out的文件名名称,保存路径还是工作目录,下面的modes在这里改了也没用,在后续导出的txt文件中加一行命令即可(num_modes=次数自己设置) 19.运行(“run”“run autodock vina”),弹窗中第二行点browse,双击刚刚保存的txt文件,点launch,等着弹框消失...
https://colab.research.google.com/github/quantaosun/Autodock_vina_colab/blob/main/Free_Cloud_Docking_2D_3D.ipynbcolab.research.google.com/github/quantaosun/Autodock_vina_colab/blob/main/Free_Cloud_Docking_2D_3D.ipynb 前提是需要注册一个谷歌账号,以便使用谷歌的Colab也就是谷歌版本的Jupyter noteb...
vina --config config.txt --ligand abi0.pdbqt --out vina-abi0.pdbqt --log vina-abi0.log Step 4. 提交作业; 2个4核心节点启动8个并行任务,每个任务使用1个cpu核心。 sbatch -N1-p c-4-1 -n4-c1AutoDockVina.sh 查看作业运行情况及参数详细介绍请点击查看slurm命令。 结果文件下载请查看Linux数据传...
https://www.yuque.com/dviy1p/zfgvwt/sxgwivl5vp7cp2ap?singleDoc# 《AutoDock vina 安装及使用教程》 二、Autodock(Vina)操作篇 Q1 小分子选为配体时报错 看看加G电荷后还会不会报错,具体见Autodock视频集P6 Q2 给配体检测扭转键出现报错 网友“Leisure安逸”提供的解决方法: ...
在进行Autodock Vina分析前,我们需要对蛋白分子的格式进行转化,需要将.pdb格式转化为.pdbqt。这里通过Autodock tools软件进行转化。 1. 载入蛋白文件 载入蛋白文件 2. 加氢处理 image.png 点击ok 3. 计算电荷 计算电荷 点击确定 4. 保存处理后的蛋白pdb文件 ...
下面我们将分别介绍AutoDock和AutoDock-vina等对接工具的安装教程,包括在不同操作系统上的安装步骤。一、AutoDock的安装 下载安装包根据所使用的操作系统,从官网下载对应的安装包。对于Linux系统,可以选择下载预编译的二进制包;对于Windows系统,需要先安装MinGW和MSYS,然后再下载预编译的Windows安装包;对于Mac OS系统,...
【虚拟筛选】使用Autodock_vina进行批量分子对接_哔哩哔哩_bilibili 但是接着就要看这个(上面那个不是很全),这个大佬最详细(蛋白的处理看这个) 小分子虚拟筛选与分子模拟课程——4.批量小分子对接_哔哩哔哩_bilibili 基础知识:比如为何需要pdbqt格式 分子对接基础知识 - xiaojikuaipao - 博客园 (cnblogs.com) 安装的...
AutodockVina，它是继Scripps实验室的Autodock4对接程序之后由OlegTrott等人推出的使用新的打分函数、预测准确率更高并支持并行化的更高效易用的对接程序。它的使用方法和Autodock4类似，只是少了调用AutoGrid程序（原Autodock4中需要用到）这一步。Vina是一个命令行程序，它可以和AutodockTools配合使用，因为Autodock...
SailVina重构增强版 gui docking autodock-vina Updated Apr 21, 2024 Python biocheming / watvina Star 53 Code Issues Pull requests implicit or explicit water model based docking with Autodock vina engine. supporting pharmacophore /position constrained docking drug-design pharmacophore molecular-doc...